关于建房工程款已付一万元后违约金的计算问题，需结合合同约定、实际损失及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若双方签订的建房合同中已明确约定违约金计算方式（如按日支付未付款项的千分之三，或固定金额等），则优先按合同约定执行。
   示例：合同约定“逾期付款每日按未付金额的0.1%支付违约金”，若剩余10万元未付且逾期10天，违约金为10万×0.1%×10=1000元。
   注意：若约定违约金显著高于实际损失（如仅造成500元损失却约定2000元违约金），违约方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整。

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未约定违约金，或约定模糊无法计算，则以实际损失为基础，由双方协商或通过诉讼/仲裁确定。
   实际损失范围：包括但不限于：

   • 资金占用损失（如贷款利息）；
     
   • 因延期导致的材料涨价、人工成本增加；
     
   • 其他直接经济损失。
     示例：因对方拖延付款导致您额外支付银行贷款利息2000元，则违约金可能以此为参考。

3. 违约金与定金的选择适用
   若合同同时约定违约金和定金（如“支付定金1万元，逾期付款需另付违约金”），根据《民法典》第588条，您只能选择其中一种主张：

   • 选择定金：若对方违约，您可要求双倍返还定金（即2万元）；
     
   • 选择违约金：按合同约定或实际损失主张违约金，但需退还已付定金。

建议行动：

1. 立即检查建房合同，确认违约金条款内容；
   
2. 收集实际损失证据（如银行流水、采购合同、人工费用单据等）；
   
3. 若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，主张合理违约金。
   

如有进一步细节（如合同条款、损失明细等），可直接向我咨询，我会结合具体情况为您详细分析。