在二次行政诉讼中，若被告先后两次举证的证据不相同，法院并不会简单地采信其中某一份证据，而是会综合全案证据，依据证据的合法性、真实性、关联性以及证明力的大小进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、证据采信的基本原则
- 合法性原则：证据必须依法取得，符合法律规定的程序和要求。若证据的取得方式违法，如通过非法搜查、窃听等手段获取，则该证据可能被排除。
- 真实性原则：证据必须真实可靠，能够客观反映案件事实。若证据存在伪造、篡改等情形，则其真实性将受到质疑，可能不被采信。
- 关联性原则：证据必须与案件事实具有关联性，能够证明或反驳案件中的某个事实。若证据与案件事实无关，则其证明力将大打折扣。
- 证明力大小原则：在证据均合法、真实、关联的情况下，法院将根据证据的证明力大小进行采信。证明力较大的证据，如直接证据、原始证据等，将更有可能被采信。
二、先后两次举证证据不相同的处理
审查证据的合法性、真实性和关联性：
- 法院将首先审查两次举证的证据是否均符合合法性、真实性和关联性的要求。若其中某一份证据存在违法、不真实或无关的情形，则该证据可能被排除。
比较证据的证明力：
- 在证据均符合合法性、真实性和关联性的要求下，法院将比较两次举证的证据的证明力大小。例如，直接证据通常比间接证据具有更大的证明力；原始证据通常比传来证据具有更大的证明力。
综合全案证据进行判断：
- 法院不会孤立地看待某一份证据，而是会综合全案证据进行判断。若两次举证的证据相互矛盾，法院将结合其他证据和案件事实，进行综合分析，以确定哪一份证据更符合案件事实。
三、特殊情况下的处理
新证据的提交：
- 若被告在二次行政诉讼中提交了新证据，且该新证据与之前提交的证据存在矛盾，法院将要求被告说明新证据的来源和合理性。若新证据能够更合理地解释案件事实，且符合证据采信的基本原则，则法院可能采信新证据。
证据的补充和说明：
- 若被告对之前提交的证据有补充或说明，且该补充或说明能够增强证据的证明力或消除证据之间的矛盾，法院将考虑该补充或说明对证据采信的影响。
四、建议
被告应确保证据的合法性和真实性：
- 被告在提交证据时，应确保证据的合法性和真实性，避免提交违法、不真实或无关的证据。
被告应全面、客观地提交证据：
- 被告应全面、客观地提交与案件事实相关的证据，避免遗漏或隐瞒重要证据。
被告应积极配合法院的审查工作：
- 被告应积极配合法院的审查工作，对法院提出的疑问或要求进行及时、准确的回应。
若您在行政诉讼中遇到证据采信方面的问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。