当您个人已经提交了工伤申请材料，但所在单位不配合进行后续的劳动能力鉴定等相关流程时，您可以按照以下步骤来处理：

首先，明确您的权益。根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生工伤后，如果经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应当进行劳动能力鉴定。这是您的合法权益，单位有义务配合完成这一流程。

接下来，您可以尝试与单位进行沟通。了解单位不配合的具体原因，看是否是存在误解或信息不对称的情况。通过积极的沟通，有时候可以解决问题，使单位愿意配合您完成劳动能力鉴定。

如果沟通无果，您可以自行向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请。根据规定，劳动能力鉴定不仅可以由用人单位提出，还可以由工伤职工或者其近亲属提出。在申请时，您需要提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。随着简化证明材料工作的推进，您通常可以在就诊的医疗机构获取这些资料。

在申请过程中，如果遇到任何困难或问题，比如单位拒绝提供必要的资料或阻碍您进行鉴定，您可以向当地的劳动保障监察部门投诉或举报。他们会根据相关法律法规进行调查处理，并保障您的合法权益。

最后，如果劳动能力鉴定结果出来后，您需要享受工伤保险待遇，但单位仍然不配合，您可以向社会保险经办机构申请先行支付。根据相关规定，如果用人单位未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。用人单位不支付的，从工伤保险基金中先行支付。

总之，面对单位不配合的情况，您不要慌张，要依法维护自己的权益。通过沟通、自行申请、投诉举报以及申请先行支付等方式，您可以逐步解决问题，确保自己的工伤待遇得到落实。