结论：一般情况下，房屋已经过户给乙方后，甲方与后续盖房及邻居纠纷问题无关；但若存在特殊约定或甲方行为导致纠纷，甲方可能仍需承担一定责任。
一、房屋过户后的法律关系
在房屋买卖过程中，一旦房屋完成过户手续，房屋的所有权就正式从甲方转移到了乙方。这意味着，乙方成为了房屋的合法所有者，享有对该房屋的占有、使用、收益和处分的权利。因此，从法律上讲，房屋过户后，甲方就不再对房屋本身负有任何法律责任，包括乙方后续对房屋的改造、扩建等行为。
二、乙方盖二层与邻居的纠纷
乙方在获得房屋所有权后，有权对房屋进行合理的改造和扩建，但这一行为必须遵守相关的法律法规和规划要求。如果乙方在盖二层时违反了当地的建筑规划、安全标准或侵犯了邻居的合法权益（如采光权、通风权等），邻居有权提出异议并阻止乙方的施工行为。
这一纠纷与甲方无关，因为甲方已经完成了房屋的过户手续，不再对房屋负有任何法律责任。乙方作为房屋的新所有者，应当自行承担因改造、扩建房屋而产生的法律责任和后果。
三、特殊情况下的甲方责任
尽管一般情况下甲方与后续盖房及邻居纠纷问题无关，但也存在一些特殊情况，甲方可能需要承担一定的责任：
合同中有特殊约定：如果甲乙双方在房屋买卖合同中明确约定了甲方对房屋后续改造、扩建等行为的责任或义务，那么甲方就需要按照合同约定来承担责任。
甲方行为导致纠纷：如果甲方在房屋过户前存在某些行为（如隐瞒房屋的真实情况、未履行告知义务等），导致乙方在后续改造、扩建房屋时产生了纠纷，那么甲方可能需要承担一定的法律责任。但这种情况下的责任承担需要具体分析，不能一概而论。
四、建议与措施
对于乙方：在盖二层前，应当充分了解当地的建筑规划和安全标准，确保施工行为合法合规。同时，也应当与邻居进行充分沟通，避免因改造、扩建房屋而产生不必要的纠纷。
对于甲方：在房屋过户前，应当确保房屋的真实情况得到充分披露，并履行告知义务。如果合同中有特殊约定，应当明确约定双方的责任和义务，以避免后续产生纠纷。
如果发生纠纷：双方应当首先通过协商来解决纠纷。如果协商无果，可以寻求法律途径来解决。在处理纠纷时，应当保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。