结论前置：公安机关（包括派出所）经常来公司调查是否合法，取决于其是否有合法的依据、遵循了正当的程序以及调查的目的和范围是否合理。在符合法定情形和程序的前提下，公安机关的检查是正常的执法行为；反之，则可能构成不合理或违法的干预。
一、合法调查的情形及依据
治安管理与安全检查：
- 公安机关有权对公司经营场所的消防设施、疏散通道等安全状况进行检查，以确保公共安全。
- 检查公司内部的治安保卫制度是否健全并落实，如门禁制度、安保人员配备等，以预防治安案件。
- 对涉及生产、储存、使用危险物品的公司，公安机关会进行严格检查，以防止风险。
人口管理与重点人员管控：
- 公安机关会检查公司是否按规定对外来务工人员进行登记和上报，以掌握人口动态。
- 对公司员工中的重点管控人员（如有犯罪前科者）进行了解，以确保其遵守规定。
违法犯罪线索调查：
- 若接到关于公司的违法犯罪线索举报，如经济犯罪、网络犯罪等，公安机关可依法对公司进行调查检查，以核实线索、收集证据。
特定情况下的合法检查：
- 在涉及单位犯罪的情况下，公安机关有权按程序对可能作为刑事案件证据的账目进行取证检查，且必须出示搜查令、执法证件等法律文件。
二、可能存在不合理的情形
缺乏合法依据：
- 公安机关的检查应当依法进行。若无任何法律依据或正当理由，随意对公司进行检查，干扰其正常经营活动，则属于不合法行为。
程序违法：
- 检查应遵循法定程序，如出示执法证件、表明执法身份等。若执法人员在检查时未按规定程序操作，如不出示证件强行进入、超越法定权限扣押物品或限制人员自由等，均属违法和不合理行为。
三、公司的权利与应对
配合执法与要求说明：
- 公司在遇到公安机关检查时，应当配合执法，同时有权要求执法人员出示相关证件和检查证明文件，并说明检查依据和目的。
申诉与维权：
- 如果公司认为检查存在不当之处或侵犯了其合法权益，可通过法律途径进行申诉和维权，包括但不限于向上一级公安机关投诉、提起行政诉讼等。
四、实际建议
了解法律法规：
- 公司应了解相关法律法规，明确公安机关的执法权限和程序，以便在遇到检查时能够正确应对。
建立合规制度：
- 公司应建立合规制度，确保经营活动符合法律法规要求，减少因违法违规行为而引发的调查。
及时咨询与应对：
- 若公司对公安机关的检查有疑问或认为存在不当之处，应及时咨询专业律师，了解自身权益并采取相应措施。
公安机关经常来公司调查是否合法，需根据具体情况判断。公司应了解自身权益，积极配合合法检查，同时对不当或违法检查行为保持警惕并采取相应措施维护自身权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。