针对项目审计中发现违法分包的情况，核心处理方向是依法纠正违法行为、追究责任主体法律责任、完善合同与项目管理以防范风险。以下是具体分析：

1. 违法分包的法律定性及后果

根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条、第二十九条及《建设工程质量管理条例》第二十五条，违法分包包括：

• 主体资质违法：总承包单位将工程分包给不具备相应资质的单位或个人；
• 超越范围分包：分包内容超出总承包合同约定的范围；
• 再分包违法：分包单位将其承包的工程再分包；
• 主体结构分包违法：施工总承包单位将建设工程主体结构的施工分包给其他单位。

法律后果：

• 对承包单位：责令改正，没收违法所得，处工程合同价款0.5%-1%的罚款；可责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
• 对个人：处单位罚款数额5%-10%的罚款；有违法所得的，予以没收。
• 对建设单位：若明知或应知违法分包仍允许，需承担连带责任。

2. 审计发现后的处理流程

（1）立即停止违法行为

• 审计发现违法分包后，建设单位或监理单位应立即要求总承包单位停止分包行为，已实施的违法分包工程需暂停施工。
• 若分包工程已完工，需通过专业机构评估工程质量，确保符合安全标准。

（2）固定证据并启动调查

• 收集分包合同、付款凭证、资质文件、施工记录等证据，明确违法分包的事实（如分包单位资质、分包范围、再分包情况）。
• 调查责任主体：总承包单位是否为主观故意，建设单位是否存在默许或纵容行为。

（3）向行政主管部门报告

• 根据《建设工程质量管理条例》第五十五条，建设单位或监理单位应向当地建设行政主管部门报告违法分包情况。
• 主管部门将依法立案调查，并作出行政处罚决定。

（4）追究民事责任

• 若违法分包导致工程质量问题，建设单位可依据《民法典》第八百零一条，要求总承包单位承担修理、返工或赔偿损失的责任。
• 若分包单位存在过错，总承包单位可向其追偿。

（5）完善合同与项目管理

• 在总承包合同中明确分包范围、资质要求及违约责任，禁止转包或违法分包。
• 建立分包单位准入机制，审核其资质、业绩及信用记录。
• 定期检查分包工程实施情况，确保符合合同及法律规定。

3. 风险防范建议

• 合同条款设计：在总承包合同中约定“禁止违法分包”条款，并明确违约责任（如违约金、解除合同等）。
• 过程管理：建设单位或监理单位应定期核查分包单位资质及施工范围，留存书面记录。
• 法律培训：对项目管理人员进行分包法律培训，提高合规意识。

若您在项目审计中遇到违法分包问题，可直接向我咨询具体处理方案，我将结合项目实际情况提供法律意见。