合同备案后，在满足特定条件和遵循相应程序的前提下，双方同意是可以申请撤销的。以下从不同角度为您详细分析：
可撤销的常见情形
协商一致撤销：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应遵循自愿原则。这意味着，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，如果协商一致，可以决定撤销已备案的合同。例如，甲乙两公司因市场变化，经友好协商同意撤销已备案的买卖合同，这是完全合法的。
因重大误解、欺诈、胁迫或显失公平订立的合同：
- 如果合同是基于重大误解、欺诈、胁迫或显失公平等情形订立的，那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销合同。例如，在房产交易中，一方发现房屋面积与合同约定相差较大，这属于重大误解，可以向法院或仲裁机构请求撤销合同及备案。同样，如果供货方隐瞒商品质量瑕疵，采购方在不知情下签订合同并备案，后发现被欺诈，也可以通过法律途径撤销合同。
因不可抗力致使不能实现合同目的：
- 不可抗力是指不能预见、不能避免且不能克服的客观情况，如自然灾害或社会事件等。如果因不可抗力导致合同履行不可能，那么合同双方可以协商撤销备案。
撤销的程序
一般程序：
- 如果合同双方协商一致决定撤销备案，那么他们需要共同向原备案机关提出撤销申请，并提交相关证明材料，如撤销申请书、原合同、撤销协议等。备案机关在审核通过后，会办理撤销手续。
涉及法律程序的情况：
- 如果合同是通过人民法院或仲裁机构撤销的，那么需要取得生效的法律文书（如判决书、裁决书），然后持该文书到备案机关办理撤销手续。
其他注意事项
- 地区差异与合同类型：不同类型的合同以及不同地区的相关规定可能有所差异。因此，在具体操作时，需要根据合同内容和当地法律法规来确定。
- 撤销权的行使期限：撤销权通常自知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使。如果超过这个期限，撤销权将消灭。因此，合同双方在发现撤销事由后，应及时行使撤销权。
法律建议
在考虑撤销备案合同前，我建议您充分了解相关法律规定和自身权益。如果对法律程序或具体操作有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。
总之，合同备案后并非不能撤销，但需要满足特定条件并遵循相应程序。如果您有这方面的需求或疑问，欢迎随时向我提问。