工程未全部完工但甲方已投入使用，这一情况确实可能影响工程款的拨付，但具体影响需结合合同条款、实际完成情况及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同条款的约定

• 关键点：首先需审查建设工程合同中关于“工程款支付条件”、“竣工验收”及“提前使用”的条款。
  • 若合同明确约定“工程款支付以竣工验收合格为前提”，而甲方在未验收的情况下擅自使用，可能构成违约或放弃验收权利，此时乙方（施工方）有权要求按合同约定支付工程款。
  • 若合同约定“甲方提前使用视为验收合格”，则甲方需按约定支付工程款，且不得以未完工为由拒付。
  • 若合同无明确约定，则需依据法律规定和行业惯例判断。

2. 法律规定的适用

• 《民法典》相关规定：
  • 根据《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款。
  • 若甲方擅自使用未竣工工程，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。
  • 此条款虽未直接规定工程款支付，但隐含了甲方擅自使用后，不得以未完工或质量瑕疵为由拒付工程款（除非涉及地基基础或主体结构问题）。

3. 实际完成情况的影响

• 已完工部分的价值：若工程虽未全部完工，但已完工部分具有独立使用价值（如主体结构完成），且甲方已实际使用，乙方可主张按已完成工程量支付对应工程款。
• 未完工部分的责任：若未完工部分因甲方原因导致（如变更设计、未及时提供材料），乙方可要求甲方承担责任，并支付已完工部分的工程款。

4. 可能的法律后果

• 甲方拒付工程款的风险：若甲方以未完工为由拒付工程款，乙方可依据合同和法律规定，通过协商、调解或诉讼途径主张权利。
• 乙方需承担的举证责任：乙方需证明已完工部分的工程量、质量及甲方擅自使用的事实，以支持其主张。

5. 建议与操作

• 审查合同：立即审查合同条款，明确工程款支付条件、验收标准及提前使用的后果。
• 固定证据：收集甲方擅自使用的证据（如照片、视频、使用记录等），以及已完工部分的工程量清单和质量证明。
• 协商或诉讼：与甲方协商支付事宜，若协商无果，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁。

总结：工程未全部完工但甲方已投入使用，可能影响工程款拨付，但具体影响需结合合同条款和法律规定判断。若合同无明确约定，甲方擅自使用后一般不得以未完工为由拒付工程款（除非涉及重大质量问题）。建议您根据实际情况，采取相应措施维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。