在工程未移交但甲方已自行投入使用的情况下，完工时间的确定通常遵循以下原则和步骤：

1. 合同约定优先：

   • 首先，应查阅双方签订的建设工程施工合同，看其中是否有关于完工时间、移交条件以及甲方提前使用工程后果的明确约定。
   • 如果合同中有明确规定，如“工程未经移交，甲方不得擅自使用，否则视为工程已完工并验收合格”，则应按照合同约定来确定完工时间。

2. 实际使用时间作为完工时间：

   • 在合同没有明确约定或约定不明的情况下，如果甲方已经自行投入使用工程，那么通常可以将甲方实际开始使用工程的时间视为完工时间。
   • 这是因为甲方的使用行为表明其已经认可了工程的完成状态，并愿意承担使用工程可能带来的风险。

3. 考虑工程是否具备使用条件：

   • 除了甲方的使用行为外，还需要考虑工程本身是否已经具备了使用条件。
   • 如果工程虽然未经正式移交，但已经完成了主要施工内容，且不存在影响使用的重大缺陷或安全隐患，那么甲方提前使用是合理的，完工时间可以据此确定。
   • 反之，如果工程存在严重质量问题或未完成关键施工内容，甲方强行使用则可能不构成对完工时间的认可。

4. 证据收集与固定：

   • 在确定完工时间时，证据的收集与固定至关重要。
   • 双方应尽可能收集与工程完工、移交、使用相关的书面材料、照片、视频等证据，以证明各自的主张。
   • 特别是甲方开始使用工程的具体时间、使用范围、使用目的等关键信息，应作为重点证据进行收集和固定。

5. 法律后果与风险防范：

   • 如果甲方未经移交擅自使用工程，并因此导致工程出现质量问题或安全事故，甲方可能需要承担相应的法律责任。
   • 对于乙方而言，应密切关注甲方的使用行为，及时提出异议并保留相关证据，以防范潜在的法律风险。
   • 同时，双方也可以通过协商、调解或诉讼等方式解决因完工时间确定而产生的争议。

具体建议：

• 在实际操作中，建议双方首先通过友好协商的方式确定完工时间，并签订书面协议以明确双方的权利和义务。
• 如果协商不成，可以寻求第三方调解机构的帮助进行调解。
• 若调解仍无果，双方可以根据合同约定或相关法律法规的规定，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。

示例说明： 假设某建设工程施工合同中约定“工程完工后需经甲方验收合格后方可移交使用”，但甲方在工程未经正式验收的情况下擅自投入使用。在此情况下，如果乙方能够提供证据证明甲方实际开始使用工程的时间，并且该工程已经完成了主要施工内容且不存在影响使用的重大缺陷，那么法院或仲裁机构可能会将甲方实际开始使用工程的时间认定为完工时间。

总结：在工程未移交但甲方已自行投入使用的情况下，完工时间的确定需要综合考虑合同约定、实际使用时间、工程是否具备使用条件以及证据收集与固定等多个因素。如有具体争议或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。