确认程序违法但行政行为仍被维持有效，主要是因为行政行为具有公定力，在未经法定机关和程序撤销或变更前，推定为有效。以下是对这一问题的详细分析：

行政行为的公定力

行政行为一旦作出，即具有公定力，这意味着它被推定为合法有效，对行政机关、相对人、其他利害关系人以及其他国家机关都具有约束力。这种公定力是行政行为效力的重要组成部分，它确保了行政行为的稳定性和权威性。

程序违法与行政行为效力的关系

1. 程序违法不必然导致行政行为无效：

   • 行政行为的效力并不完全取决于其程序的合法性。虽然程序合法是行政行为有效的重要条件之一，但程序违法并不必然导致行政行为无效。
   • 如果行政行为在程序上存在瑕疵或违法，但并未影响其实质内容的合法性，且撤销该行政行为会给公共利益造成重大损害，那么该行政行为可能仍然被维持有效。

2. 维持有效的条件：

   • 根据相关法律规定和司法实践，如果行政行为被确认违法，但尚未被撤销，且撤销该行为会给公共利益造成重大损害，那么该行政行为在仅被法院确认违法而未被撤销的情况下，仍然作为有效的行政行为存在。
   • 这种情况下，行政行为对行政机关、相对人、其他利害关系人以及其他国家机关仍具有约束力，可以作为后续行政行为的依据。

实例分析

以蜀山区政府房屋征收决定案为例，该决定在拟定征收补偿方案和进行社会稳定风险评估的主体、对征求意见情况和根据公众意见修改情况的及时公布、征收补偿费用的专户管理等程序上存在一定的缺陷或瑕疵，被法院确认违法。但同时，法院认为若撤销该房屋征收决定会给公共利益造成重大损害，因此依法确认该房屋征收决定违法，并责令蜀山区政府采取相应的补救措施。在此情况下，该房屋征收决定在仅被法院确认违法而未被撤销的情况下，仍然作为有效的行政行为存在，对行政机关、相对人、其他利害关系人以及其他国家机关仍具有约束力。

法律建议

• 对于行政机关：在作出行政行为时，应严格遵守法定程序，确保行政行为的合法性和有效性。如果行政行为在程序上存在瑕疵或违法，应及时采取补救措施，以避免给公共利益造成重大损害。
• 对于相对人和其他利害关系人：如果认为行政行为在程序上违法，且该违法程序影响了其实质内容的合法性，可以通过法定途径提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等，以维护自己的合法权益。

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