法院对程序违法的认定，主要是基于法律规定的程序要件是否得到严格遵守，包括方式、步骤、顺序、期限等方面。若行政机关或司法机关在实施法律行为时未遵循这些程序要件，损害了当事人的合法权益，即构成程序违法。以下从多个角度详细阐述：
一、行政程序违法
违反法定步骤：
- 行政机关在作出行政行为时，必须按照法律规定的步骤进行。例如，在行政处罚中，对于较大数额罚款等决定，应先告知当事人有要求听证的权利，若当事人要求听证，行政机关应组织听证。未履行此程序即构成违反法定步骤的程序违法。
超越法定时限：
- 行政机关应在法律规定的期限内完成行政行为。如行政许可应在受理申请之日起二十日内（或延长至三十日）作出决定。超出此时限即属超越法定时限的程序违法。
违反法定形式：
- 行政行为应采用法律规定的形式。例如，行政处罚决定应制作书面决定书并加盖印章。仅口头告知而无书面决定，即违反法定形式。
违反法定顺序：
- 行政行为的实施顺序需符合法律规定。如在土地征收中，应先公告、听取意见、进行补偿安置后再征收。未按规定顺序实施即构成程序违法。
剥夺陈述、申辩权：
- 行政机关在作出具体行政行为前，应履行告知义务，不得剥夺相对人的陈述、申辩权利。否则，即使行为内容合法，也因程序违法而可能无效。
应该听证而未听证：
- 对于法律明确规定应实施听证的事项，如责令停产停业、吊销许可证等重大行政处罚，行政机关未组织听证即构成程序违法。
调查取证时的程序违法：
- 调查取证时，执法人员应不少于两人，出示证件，并告知当事人拒绝接受调查或提供证据的后果。违反这些规定即属程序违法。
二、司法程序违法
刑事诉讼
侦查阶段：
- 非法搜查、扣押：侦查人员应依法出示搜查证、扣押清单等手续。擅自搜查或扣押与案件无关的财物，即属程序违法。
- 超期羁押：犯罪嫌疑人被逮捕后，侦查羁押期限有法定限制。超期羁押侵犯了犯罪嫌疑人的人身权利，构成程序违法。
审查起诉阶段：
- 未保障辩护权：检察院应告知犯罪嫌疑人有权委托辩护人，并不得阻碍其与辩护人会见、通信。违反此规定即属程序违法。
审判阶段：
- 违反回避制度：审判人员等与案件有利害关系时应自行回避。未回避可能影响案件公正审理，构成程序违法。
- 剥夺上诉权：法院应告知当事人上诉的权利、期限和方式。未告知或以不正当理由限制、剥夺上诉权，即属程序违法。
民事诉讼
管辖错误：
- 法院应遵守民事诉讼法关于管辖的规定。无管辖权却受理案件，即属管辖错误的程序违法。
未依法送达诉讼文书：
- 法院应按法定方式和程序送达起诉状副本、传票、判决书等诉讼文书。未依法送达导致当事人无法行使诉讼权利，即构成程序违法。
违反公开审判原则：
- 除特殊情形外，民事案件应公开审理。无正当理由不公开审理应公开审理的案件，即违反了公开审判原则。
行政诉讼
- 被告未在法定期限内举证：
- 在行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任。未在收到起诉状副本之日起十五日内举证且无正当理由的，视为被诉行政行为没有相应证据，属于程序违法。
三、一审法院程序违法的具体情形
管辖方面：
- 违反级别管辖或地域管辖规定，如基层法院错误地审理了本应由中级人民法院管辖的重大涉外案件。
审判组织方面：
- 合议庭组成不合法，如合议庭成员不具备审判资格或人数不符。
- 独任审判适用不当，如案件不符合简易程序条件却采用独任审判。
- 违反公开审判规定，如依法应当公开的案件未公开。
回避方面：
- 应当回避而未回避，如法官为一方当事人近亲属仍参与审理。
诉讼参与人权利保障方面：
- 未依法送达诉讼文书，导致当事人无法行使诉讼权利。
- 剥夺当事人辩论权利，如限制发言时间、打断合理辩论等。
- 遗漏必须参加诉讼的当事人，如继承纠纷中遗漏部分继承人。
- 剥夺或限制其他法定诉讼权利，如未给予被告充分的答辩时间。
证据方面：
- 非法收集证据，如以非法手段获取的证据作为定案依据。
- 未保障当事人举证权利，如不合理缩短举证期限。
审理期限方面：
其他方面：
- 审判人员实施其他可能影响案件公正审理的行为，如接受当事人或其代理人的请客送礼。
- 其他违反法律规定的诉讼程序的情形。
总结与建议：
程序违法是法律实施过程中的严重问题，可能损害当事人的合法权益。因此，当事人在参与法律程序时，应充分了解并关注法律程序的合法性。一旦发现自己的权益受到程序违法的侵害，应及时寻求法律援助，如直接向我咨询，并采取相应措施以维护自身权益。同时，行政机关和司法机关也应严格遵守法律规定的程序要件，确保法律行为的合法性和公正性。