程序违法但结果当事人认可的情况下，处理方式需分情况讨论，核心结论如下：

1. 程序违法可能影响结果效力，需审查违法程度与结果关联性
   若程序违法属于“重大且明显违法”（如应当回避的法官未回避、应当公开的庭审未公开等），即使当事人认可结果，该结果仍可能因程序瑕疵被撤销或确认无效。例如，行政处罚中未告知当事人陈述申辩权，即使当事人事后表示接受处罚，该处罚仍可能因程序违法被法院撤销。
   法律依据：根据《行政诉讼法》第70条，行政行为违反法定程序的，法院应判决撤销或部分撤销；根据《民事诉讼法》第207条，审判程序违法可能成为再审事由。

2. 当事人认可可能构成“程序瑕疵治愈”，但需满足特定条件
   若程序违法属于“轻微瑕疵”（如送达文书时间稍晚但当事人实际收到、庭审笔录记录错误但当事人签字确认等），且当事人明确表示放弃程序权利（如书面同意简化流程），则结果可能被维持。例如，民事诉讼中当事人书面同意延期开庭，法院未严格按期限开庭的，结果通常不受影响。
   关键点：需当事人“明知违法且自愿接受”，且违法未损害其核心权利（如知情权、参与权）。

3. 当事人认可不等于“程序合法”，行政与司法领域处理原则不同

   • 行政领域：行政机关程序违法，即使相对人认可结果，上级机关或法院仍可能因“程序正当性”要求撤销行为。例如，行政许可中未依法公示材料，即使申请人事后补交，许可仍可能因程序违法被撤销。
     
   • 司法领域：民事诉讼中，当事人可处分程序权利（如放弃答辩期），但涉及公共利益或第三人权利时，认可可能无效。例如，离婚诉讼中当事人隐瞒财产，即使双方认可分割方案，法院仍可能依职权调查并重新分配。

4. 建议：区分“程序违法”与“程序瑕疵”，及时采取补救措施

   • 若发现程序违法，即使当事人认可结果，也应主动向法院/行政机关提出异议或申请复议，避免结果被后续挑战（如对方反悔或第三人主张权利）。
     
   • 若为己方程序违法，可尝试与对方签订补充协议，明确“放弃程序权利”的条款，但需注意此类条款可能因违反强制性规定而无效（如刑事诉讼中嫌疑人放弃辩护权需严格审查）。

总结：程序违法与结果认可的关系需结合违法性质、当事人权利影响及领域特性综合判断。若涉及核心程序权利（如管辖权、回避权），认可通常无法治愈违法；若为轻微瑕疵且未损害实质权利，结果可能被维持。具体案件需结合证据和法律条文进一步分析，可直接向我咨询细节。