将商业用地改为农业设施，若未经合法审批，将面临一系列严重的法律后果；而若经过合法审批，则转变行为是合法的，并会受到法律保护。以下是对此问题的详细分析：
一、未经合法审批改变用途的法律后果
行政处罚：
- 自然资源部门等行政主管部门有权要求违法者在规定期限内恢复土地原状，例如拆除在商业用地上违规建设的农业设施（若该设施不符合农业用途规划或建设标准）。
- 根据《土地管理法》及相关规定，非法改变土地用途进行建设的，可能面临罚款，具体数额根据违法情节和地区规定而定。
- 逾期不改正的，还可能面临缴纳复垦费、土地使用权被收回等更严厉的行政措施。
刑事处罚（虽不直接相关，但为完整性提及）：
- 若非法占用土地数量较大且造成严重毁坏（此条更侧重于农用地转非农用地，但类比说明非法改变用途的严重性），可能触犯相关刑法条款，不过商业用地转农业设施通常不直接涉及此罪，但非法改变用途的行为性质是类似的，都可能面临法律制裁。在商业用地转农业设施的情境下，若涉及伪造文件、欺诈等手段，可能触犯其他刑法条款。
民事法律后果：
- 涉及土地流转或使用的合同，若因违反法律强制性规定（如未经审批改变土地用途）而可能被认定为无效，导致财产返还、折价补偿及损失赔偿等法律后果。
- 行为人还需对因其违法行为造成的损失承担民事赔偿责任。
产权与使用问题：
- 在未经合法审批的土地上建设的农业设施无法办理合法的产权登记，权益无法得到法律保障。
- 后续使用、转让或抵押等交易行为也将面临障碍，可能引发纠纷。
二、经过合法审批改变用途的法律保障
合规建设与运营：
- 按照法定程序获得审批后，商业用地转变为农业设施即成为合法行为。土地使用者可依据规划要求进行农业设施建设、运营。
- 合法权益受法律保护，包括建设温室大棚、养殖场等农业设施，进行正常农业生产活动，并办理相关产权或使用权登记手续（如农业设施用地使用权证）。
政策支持与优惠：
- 合法转变土地用途后，可能享受政府提供的农业相关政策支持与优惠，如农业补贴、税收减免等。
三、建议与总结
- 务必遵循法律法规：在涉及土地用途转变时，务必遵循相关法律法规，确保所有操作合法合规。这包括了解并遵守土地管理法、城乡规划法等相关规定。
- 咨询专业法律人士：由于土地用途转变涉及复杂的法律程序和规定，建议咨询专业法律人士（即向我咨询），以确保操作的合法性和有效性。
- 避免法律风险：未经合法审批擅自改变土地用途将带来严重的法律风险，包括行政处罚、刑事处罚、民事赔偿以及产权问题等。因此，务必谨慎行事，避免触犯法律。
总之，将商业用地改为农业设施必须依法经过合法审批程序。只有依法依规进行土地用途转变，才能确保项目的顺利进行和权益的有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。