设施农用地在符合一定条件和遵循严格法律程序的前提下，是可以变更商业服务用地的。不过，这一变更过程涉及多个环节和复杂的法律规定，以下我将为您详细解析：
一、变更前提：符合规划
首先，任何土地用途的变更都必须以符合当地城市规划和土地使用规划为前提。对于设施农用地而言，您需要详细了解并确认该地块是否已被规划为可变更用途，或者是否符合未来规划导向。若与现有规划冲突，通常难以获得批准。因此，建议您在进行任何操作前，先咨询当地城乡规划部门或国土资源局，获取最准确的规划信息。
二、变更流程
咨询与规划确认：
- 向国土资源局、建设部门、规划部门咨询该设施农用地是否符合土地利用总体规划、城市建设总体规划和土地利用年度计划。
- 确认地块可用于商业服务用途后，进行建设项目可行性论证，并准备用地申请材料。
预审与立项：
- 向国土资源局提出用地预审申请，提交项目可行性研究报告、规划部门的选址意见书等相关材料。
- 预审通过后，办理立项、规划许可、环保许可等手续。
正式申请与审批：
- 持以上审批文件，向原预审的国土资源局提出项目用地的正式申请。
- 国土资源局将拟定农用地转用方案、补充耕地方案等（如涉及农用地转用），并按规定的审批权限逐级报有批准权的人民政府审批。
补缴土地出让金与签订变更协议：
- 由于商业服务用地的土地价值通常高于设施农用地，您需要按规定补缴土地出让金差价。补缴金额依据新的商业服务用地市场评估价格与原设施农用地剩余年期评估价格的差值确定。
- 随后，与自然资源主管部门签订《国有土地使用权出让合同变更协议》，明确变更后的各项权利义务。
缴纳费用与补偿（如涉及）：
- 获得批准后，需按规定缴纳新增建设用地土地有偿使用费等相关税费。
- 如涉及征收集体土地或农用地转用，还需与土地所有权人和使用权人签订补偿安置协议，并按征地程序办理征地手续。
办理变更登记：
- 持相关批准文件、变更协议及土地出让金缴纳凭证等资料，到不动产登记机构办理土地变更登记手续。
- 领取新的不动产权证书，确认其商业服务用地的使用权。
三、注意事项
- 在整个变更过程中，必须严格遵守相关法律法规，确保所有手续齐全、合法。
- 由于各地区具体规定可能有所不同，建议在实际操作中咨询当地相关部门或专业律师，以确保操作的合规性。
- 变更土地用途可能涉及较高的费用和时间成本，因此请提前做好财务规划和时间安排。
四、违规后果
未经批准擅自改变土地用途的，可能会受到严重的法律处罚。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临罚款、拆除建筑物等处罚。同时，对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
综上所述，设施农用地变更商业服务用地虽然可行，但必须依法依规进行，确保所有手续齐全、合法，以避免可能的法律风险和经济损失。