农业用地改为商业用地，若未经合法审批，将面临严重的法律后果；而经过合法审批后，土地用途的转变则是合法的，其开发建设和运营将受到法律保护。以下是对这一问题的详细分析：
一、未经合法审批改变用途的法律后果
行政处罚：
- 责令限期改正：自然资源部门等行政主管部门有权要求违法者在规定期限内恢复土地原状，比如拆除在农业用地上违规建设的商业设施。
- 罚款：根据《土地管理法》，非法占用农用地进行建设的，可处以每平方米10元以上30元以下的罚款，并需拆除或没收非法建筑物。
- 其他处罚：逾期不改正的，还可能面临缴纳复垦费、土地使用权被收回等更严厉的行政措施。
刑事处罚：
- 若非法占用农用地数量较大且造成大量毁坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
民事法律后果：
- 合同无效：涉及土地流转用于非农业建设的合同，因违反法律强制性规定而可能被认定为无效，导致财产返还、折价补偿及损失赔偿等法律后果。
- 赔偿责任：行为人还需对因其违法行为造成的损失承担民事赔偿责任。
产权问题：
- 在未经合法审批的土地上建设的商业设施无法办理产权登记，权益无法得到法律保障，后续交易也将面临障碍。
二、经过合法审批改变用途的法律保障
- 合规建设与运营：
- 按照法定程序获得审批后，农业用地转变为商业用地即成为合法行为。土地使用者可依据规划要求进行商业项目开发、建设和运营。
- 合法权益受法律保护，包括建设商场、写字楼等商业设施，进行正常商业活动，并办理相关产权登记手续。
三、合法审批的具体流程
若确实需要将农业用地改为商业用地，必须遵循以下严格的法律程序和审批流程：
咨询与规划：
- 向国土资源局、建设部门、规划部门咨询该农用地是否符合土地利用总体规划、城市建设总体规划和土地利用年度计划。
- 确认农用地可用于建设后，进行建设项目可行性论证，并提交用地申请。
预审与立项：
- 用地单位持相关材料向国土资源局提出用地预审申请，包括项目可行性研究报告、规划部门的选址意见书等。
- 预审通过后，办理立项、规划许可、环保许可等手续。
正式申请与审批：
- 用地单位持以上审批文件，向原预审的国土资源局提出项目用地的正式申请。
- 国土资源局拟定农用地转用方案、补充耕地方案、征收土地方案等（如涉及征收集体土地），并按规定的审批权限逐级报有批准权的人民政府审批。
缴纳费用与补偿：
- 获得批准后，用地单位需按规定缴纳新增建设用地土地有偿使用费等相关税费。
- 如涉及征收集体土地，国土资源局负责与农用地的所有权人和使用权人签订补偿安置协议，并按征地程序办理征地手续。
供地与出让：
- 在征地补偿、安置补助完成后，国土资源局向用地单位发出批准用地文件和《建设用地批准书》。
- 对于商业用地，通常通过招标、拍卖、挂牌等公开出让方式取得土地使用权。用地单位与国土资源部门签订土地出让合同，并缴纳土地出让金。
登记发证：
- 完成上述程序后，用地单位持相关批准文件和出让合同等资料，到不动产登记部门办理土地变更登记手续，领取新的不动产权证书，确认其商业用地的使用权。
四、建议与总结
在涉及土地用途转变时，务必遵循相关法律法规，确保所有操作合法合规。农业用地转为商业用地虽然可行，但必须依法依规进行，确保所有手续齐全、合法，以避免可能的法律风险和经济损失。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。