结论前置：农田改为商业用地并非绝对违法，但必须经过严格的法定程序并获得相关部门的许可。未经批准擅自变更土地用途是违法的，可能面临责令改正、罚款、甚至刑事责任等法律制裁。
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，我国实行严格的土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地，特别是耕地，实行特殊保护。这意味着，任何单位和个人不得擅自改变土地用途，特别是将农田变更为商业用地，必须依法经过审批。
二、合法变更土地用途的程序
若确实需要将农田改为商业用地，必须遵循以下法定程序：
前期咨询与规划：
- 向国土资源局、建设部门、规划部门咨询，确认该农田是否符合土地利用总体规划、城市建设总体规划和土地利用年度计划。
- 进行建设项目可行性论证，并提交用地申请。
预审与立项：
- 持相关材料向国土资源局提出用地预审申请。
- 预审通过后，办理立项、规划、环保许可等手续。
正式申请与审批：
- 向原预审的国土资源局提出项目用地的正式申请。
- 国土资源局拟定农用地转用方案、补充耕地方案等，并逐级上报至有批准权的人民政府进行审批。涉及占用基本农田的，必须经国务院批准。
征用与补偿（如涉及集体土地）：
- 国土资源局负责对该农田的所有权人和使用权人进行征用，签订补偿安置协议，并按征地程序办理征地手续。
缴纳费用与供地发证：
- 获批后，用地单位需要按照规定缴纳相关税费，如新增建设用地土地有偿使用费等。
- 完成征地补偿、安置补助后，国土资源局向用地单位发出批准用地文件和《建设用地批准书》，并到不动产登记机构办理土地用途变更登记手续，领取新的不动产权属证书。
三、未经批准擅自变更土地用途的法律后果
如果未经上述合法流程，私自将农田变更为商业用地，属于违法行为。根据《土地管理法》及相关法律法规，可能会面临以下法律后果：
- 土地被责令限期改正、恢复原状；
- 对责任人员给予行政处分；
- 处以罚款；
- 在拒不交出土地或临时使用土地期满拒不归还的情况下，县级以上人民政府土地行政主管部门有权责令交还土地并处以更严厉的罚款；
- 甚至可能承担刑事责任，如非法占用农用地罪等。
四、实际案例与启示
在实际操作中，因未经批准擅自变更土地用途而引发的法律纠纷屡见不鲜。例如，某企业未经批准在农田上建造商业设施，最终被相关部门责令拆除并恢复原状，同时面临高额罚款。这一案例警示我们，必须严格遵守土地管理法律法规，确保所有手续齐全、合法。
五、建议与总结
- 严格遵守法律法规：在进行土地用途变更时，务必确保遵循所有必要的法律程序和规定，以避免不必要的法律风险和经济损失。
- 咨询专业律师或相关部门：由于土地用途变更涉及复杂的法律程序和规定，建议在实际操作中咨询专业律师或相关部门，以确保操作的合规性。
- 关注政策动态：土地管理政策可能因地区和时间而异，因此应密切关注相关政策动态，及时调整操作策略。
综上所述，农田改为商业用地必须严格遵守国家法律法规，经过严格的审批程序并获得相关部门的许可。如有相关需求或计划，请直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和帮助。