核心结论：针对农民占用国家已征用的水库建设用地不退的问题，可通过协商、行政处理、民事诉讼或刑事追责等途径解决，具体需结合占用性质、证据情况及法律后果综合判断。以下是分情况说明：

1. 协商与行政处理优先

• 协商解决：若占用行为性质较轻（如临时占用、未造成重大损失），可先通过村委会、乡镇政府或水利部门介入协调，明确土地权属及补偿情况，要求农民限期退还。协商时需保留书面记录（如会议纪要、承诺书），避免口头约定。
• 行政处理：根据《土地管理法》第七十七条，县级以上自然资源主管部门有权对非法占用土地行为责令退还，并可处以罚款。若协商无果，可向当地自然资源局或水利局提交书面举报材料，附上征地批文、土地权属证明、占用现场照片等证据，要求行政机关依法查处。

2. 民事诉讼途径

• 起诉返还土地：若占用行为持续且协商、行政处理无效，可向法院提起民事诉讼，案由为“返还原物纠纷”或“排除妨害纠纷”。需准备以下证据：
  • 征地批文、土地使用权证或政府征用公告，证明土地权属已归国家；
  • 现场照片、视频或测绘报告，证明农民实际占用土地；
  • 协商记录或行政处理决定书，证明已履行前置程序。
• 赔偿损失：若占用导致水库功能受损（如蓄水能力下降、灌溉受影响），可同时主张赔偿经济损失，需提供专业机构评估报告。

3. 刑事追责的特殊情形

• 非法占用农用地罪：若占用土地属于耕地、林地等农用地，且占用面积达到刑事立案标准（如占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能触犯《刑法》第三百四十二条。此时需向公安机关报案，由其立案侦查，追究刑事责任。
• 注意证据收集：刑事追责需证明占用行为具有“非法性”（如无合法手续）和“严重性”（如面积达标、造成严重后果），建议提前固定证据（如土地性质鉴定、占用时间证明）。

4. 执行与后续管理

• 强制执行：若法院判决农民退还土地但对方拒不履行，可申请法院强制执行，由法院组织清退并恢复土地原状。
• 长期监管：退还土地后，建议与水利部门、村委会建立联合巡查机制，防止再次占用，同时完善水库周边标识（如界桩、警示牌），明确土地权属。

提示：具体操作需结合当地政策及证据情况，若涉及复杂法律程序（如刑事报案、民事诉讼），建议提前整理材料并咨询我进一步分析。