结论：合同约定补充协议要盖章才生效的情况下，如果只有授权代表签字而没有公司盖章，补充协议的效力需根据具体情况判断，可能无效，但在特定条件下有效。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先原则
根据合同约定优先原则，如果合同中明确约定“补充协议自双方签字并盖章之日起生效”，那么仅签字未盖章将不满足生效条件，补充协议因此不发生法律效力。这是因为合同是双方意思表示一致的产物，合同中的约定对双方具有约束力。在这种情况下，即使授权代表签字，但由于未满足合同约定的生效条件，补充协议仍然无效。
二、签字主体的法律地位
法定代表人签字：
- 如果签字人是公司的法定代表人，根据《民法典》的规定，法定代表人的签字行为能够直接代表公司的真实意思表示。然而，由于合同中已明确约定盖章为生效条件，因此仅法定代表人签字而未盖章，补充协议仍然无效。但值得注意的是，如果合同中未明确约定盖章为生效条件，法定代表人签字通常足以使合同生效。
获得授权的代理人签字：
- 如果签字人是获得公司书面授权的代理人，并且在授权范围内签订补充协议，但合同中明确约定了盖章为生效条件，那么仅代理人签字而未盖章，补充协议仍然无效。不过，如果代理人能够证明其签字行为是在公司授权范围内，且公司事后追认该协议，那么补充协议可能被视为有效。但这种情况较为特殊，需要具体证据支持。
无代表权或代理权的签字人：
- 如果签字人既非法定代表人也未获得公司授权，那么其签字行为通常不能代表公司的真实意思表示。在这种情况下，即使合同中未明确约定盖章为生效条件，补充协议也可能因签字人无权代表公司而无效。更何况合同中已明确约定盖章为生效条件，因此补充协议更无效。
三、实际履行情况与交易习惯
- 根据《民法典》的相关规定，如果当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，即使未签字盖章，合同也可以视为成立。然而，这一规定并不适用于合同中已明确约定盖章为生效条件的情况。因此，在实际履行中，如果双方已按照补充协议的约定开始履行各自义务，但合同中明确约定了盖章为生效条件，且公司事后不追认该协议，那么补充协议仍然无效。
- 此外，某些特定行业或交易中可能存在只签字不盖章即可生效的交易习惯。但在本题中，由于合同中已明确约定盖章为生效条件，因此交易习惯不能作为判断补充协议效力的依据。
四、法律建议
严格遵守合同约定：
- 在签订补充协议时，双方应严格遵守合同中的约定。如果合同中明确约定了盖章为生效条件，那么双方应确保在签订补充协议时加盖公司公章。
明确授权范围：
- 如果授权代表签字代替公司盖章，应确保授权代表具有明确的授权范围，并在授权范围内签订补充协议。同时，公司可以考虑在授权书中明确约定签字行为的法律效力，以减少纠纷的发生。
保留相关证据：
- 在签订和履行补充协议过程中，双方应保留好相关证据，如授权书、签字样本、履行凭证等。这些证据在发生纠纷时可以作为证明协议效力的依据。
及时沟通协商：
- 如果在签订或履行补充协议过程中出现问题，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。通过友好协商，可以避免纠纷的升级和扩大化。