结论前置：无论离职原因如何，劳动者在离职时均有权要求用人单位结清工资。若公司不全部结清工资，这种行为违反了相关法律规定，劳动者可以通过多种法律途径来维护自己的合法权益。
一、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定》第九条：强调劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
二、离职工资结算的具体规定
正常离职：
- 无论是协商一致解除劳动合同，还是劳动合同期满等正常离职情形，用人单位都应在离职当日或按地方规定时间内结清工资。例如，小李的劳动合同在6月30日期满，公司应在此日结清其6月的工资及未结款项。
员工主动辞职：
- 员工提前通知（一般30日书面通知，试用期3日）后离职，用人单位同样需在离职时结清工资。比如，小王在5月1日提交了辞职申请，6月1日正式离职，公司应结清其5月的工资及未结款项。
公司辞退员工：
- 合法辞退：因员工严重违规等原因，公司依法辞退时仍需结清工资。例如，小张因旷工被辞退，公司需结清其在职期间的工资。
- 违法辞退：公司无正当理由辞退员工，除结清工资外，还需支付赔偿金（经济补偿标准的二倍）。
三、公司不全部结清工资的处理办法
与公司协商：
- 劳动者可以首先尝试与公司进行友好协商，明确指出法律规定，要求公司尽快支付拖欠的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位进行调查和处理，责令其支付拖欠的工资。在投诉时，劳动者应准备好能证明劳动关系和工资未结清的材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等。
申请劳动仲裁：
- 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁是一种较为正式的法律程序，需提交仲裁申请书及相关证据。仲裁裁决具有法律效力，如果公司不执行，劳动者可以向法院申请强制执行。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的工资权益。
四、注意事项
- 保留证据：劳动者在离职前应详细了解相关法律法规，并保留好与工资相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以备不时之需。
- 经济损失赔偿：如果劳动者给用人单位造成了损失，用人单位可以按照合同约定要求赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。
综上所述，离职时结清工资是劳动者的法定权利，用人单位应严格履行。若公司不全部结清工资，劳动者应依法维权，确保自己的合法权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。