代开发票的金额申请仲裁，一般不会被支持，但需分情况讨论：

1. 代开发票行为本身违法
   根据《发票管理办法》及相关税法规定，代开发票属于违法行为，可能涉及虚开发票、偷逃税款等情形。若仲裁请求涉及确认代开发票金额的合法性或要求支付相关款项，仲裁机构通常会因行为违法性而驳回请求。例如，若双方通过代开发票虚构交易以套取资金，仲裁庭不会保护此类非法利益。

2. 若基础法律关系合法，但发票形式违法
   若双方存在真实交易（如买卖合同），但为避税等原因通过代开发票完成结算，此时仲裁庭可能区分“基础法律关系”与“发票形式”：

   • 支持合法部分：若能证明实际交易金额（如通过送货单、对账单等证据），仲裁庭可能支持实际发生的款项，但会明确要求按合法程序补开发票。
     
   • 驳回非法部分：若代开发票金额超出实际交易，或涉及虚增成本、套取资金等，超出部分不会被支持。

3. 仲裁协议的效力问题
   若双方未明确约定仲裁条款，或仲裁协议因代开发票行为违法而被认定无效（如涉及经济犯罪），则仲裁机构可能拒绝受理，转由法院处理。

建议：

• 若涉及代开发票纠纷，需优先整理真实交易证据（如合同、物流记录、付款凭证等），证明实际法律关系；
  
• 避免以代开发票作为主张权利的依据，否则可能面临行政处罚（如罚款、没收违法所得）及刑事风险（如虚开发票罪）；
  
• 如有疑问，可直接向我提供具体案情，我会进一步分析法律风险及应对策略。