结论前置：在两人有限公司取消监事的情况下，股东可以担任经理，但需结合公司章程、股东协议及新《公司法》的具体规定综合判断。以下从法律框架、实务操作及风险提示三个角度展开分析：

一、法律框架：新《公司法》对监事与经理职位的调整

1. 监事职位的取消依据
   根据新《公司法》修订内容（参考2025年5月深圳市市场监督管理局答复），有限责任公司可不设监事会或监事，尤其是一人有限公司或股东人数较少的公司，可自主决定是否保留监事岗位。这一改革旨在简化公司治理结构，适应初创企业灵活运营的需求。

2. 经理职位的设立规则
   新《公司法》第74条明确：有限责任公司可以设经理，也可以不设经理。若设经理，其选任需遵循公司章程或股东会决议。法律未禁止股东兼任经理，但需注意职位分离的例外情形（如涉及利益冲突时需回避）。

二、实务操作：股东兼任经理的合法性分析

1. 两人有限公司的典型架构

   • 场景1：股东A、B共同设立公司，A任董事兼法定代表人，B任经理。
     合法性：若公司章程未限制股东兼任经理，且B的选任程序符合章程（如股东会决议），则完全合法。
     
   • 场景2：股东A、B共同设立公司，A任董事兼经理，B不担任任何职务。
     合法性：需确保公司章程允许不设监事且明确经理选任规则，否则可能因程序瑕疵被质疑。

2. 关键程序要求

   • 修改公司章程：若原章程规定“经理需由非股东人员担任”，则需通过股东会决议修改章程，明确股东可兼任经理。
     
   • 股东会决议：即使章程未限制，选任股东为经理仍需形成有效决议（尤其涉及利益分配时），避免后续纠纷。

三、风险提示：股东兼任经理的潜在冲突

1. 利益冲突回避
   若股东兼任经理期间，涉及与自身相关的交易（如关联交易、自我交易），需按《公司法》第148条履行披露义务，否则可能承担赔偿责任。
   示例：股东A作为经理，未经股东会同意与公司签订采购合同，可能被认定为损害公司利益。

2. 决策程序瑕疵
   若公司章程规定“重大事项需经理与董事共同决策”，而股东兼任两者可能导致决策程序流于形式，引发其他股东或债权人质疑公司治理有效性。

3. 税务与合规风险
   股东兼任经理需按“工资薪金”缴纳个人所得税，若未合理区分股东分红与经理薪酬，可能面临税务稽查风险。

四、操作建议：如何合法实现股东兼任经理

1. 步骤1：核查公司章程是否限制股东兼任经理。若有限制，需召开股东会修改章程（需代表2/3以上表决权的股东通过）。
   
2. 步骤2：形成股东会决议，明确选任某股东为经理，并记录决议过程（留存签字文件）。
   
3. 步骤3：向市场监管部门备案经理变更信息（若原登记经理非该股东），确保工商登记与实际一致。
   
4. 步骤4：在内部制度中明确经理职权范围，避免与董事职权重叠导致决策混乱。

总结：新《公司法》下，两人有限公司取消监事后，股东兼任经理在法律上可行，但需通过章程修改、决议程序等确保合规性。若您在具体操作中遇到章程修改争议或股东会决议效力问题，可进一步向我咨询，我会结合案例为您制定解决方案。