针对您提出的“化妆品店手续不全怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律法规和行政管理的关键问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，化妆品店若手续不全，特别是未取得如公共场所卫生许可证等必要证件而从事相关经营活动，是违反《公共场所卫生管理条例》及其实施细则的。这类行为不仅可能对消费者的健康造成潜在威胁，也会使商家面临法律处罚。
一、违法事实的认定
当相关部门（如卫生健康综合行政执法支队）接到举报或进行日常监督检查时，若发现化妆品店存在未取得必要证件而从事生活美容等公共场所经营活动的情况，会进行详细的现场检查和询问调查。这包括检查店内是否设有美容床、美容仪器等设施，以及询问店长或相关负责人是否已办理相关证件。
二、行政处罚的流程与依据
立案调查：一旦确认存在违法行为，相关部门会进行立案调查，收集证据，确认违法事实。
行政处罚事先告知：在调查核实后，相关部门会向商家送达《行政处罚事先告知书》，告知其违法事实、处罚依据及拟作出的处罚决定，并给予商家陈述和申辩的权利。
陈述与申辩：商家在收到告知书后，可以在规定时间内进行陈述和申辩，提出自己的理由和证据。但如案例中所示，若商家给出的理由（如经济困难、法律知识学习不够等）不被采纳，相关部门会继续推进处罚程序。
行政处罚决定：经合议和业务审核后，相关部门会作出行政处罚决定，并向商家送达《行政处罚决定书》。处罚决定可能包括罚款、警告、停业整顿或吊销证件等。
罚款缴纳与执行：商家需在规定时限内缴纳罚款。如案例中所示，商家可申请分期缴纳，但需经相关部门审核同意。
三、具体处罚措施与案例参考
以某化妆品经营部未取得公共场所卫生许可证从事生活美容的公共场所经营活动案为例，该店因未办理相关证件而被处以21000元的罚款。这一处罚依据了《公共场所卫生管理条例》及其实施细则的相关规定，并参照了地方卫生健康行政处罚裁量基准实施办法。
四、建议与措施
加强法律法规宣传：相关部门应加强对商家的法律法规宣传，提高其法律意识，确保商家了解并遵守相关法律法规。
定期监督检查：相关部门应定期对化妆品店进行监督检查，确保其手续齐全、合规经营。
鼓励消费者举报：鼓励消费者对发现的违法行为进行举报，共同维护市场秩序和消费者权益。
商家自查自纠：商家应定期进行自查自纠，确保自身手续齐全、合规经营，避免因违法行为而面临法律处罚。
综上所述，化妆品店若手续不全而从事相关经营活动，将面临法律处罚。因此，商家应严格遵守相关法律法规，确保自身手续齐全、合规经营。同时，相关部门也应加强监管和宣传，共同维护市场秩序和消费者权益。