当工商部门检查出您的店铺存在过期化妆品时，这确实是一个需要严肃对待的问题。作为商家，您应当积极配合工商部门的调查，并立即采取一系列措施来应对这一情况，以保护消费者权益并维护自身声誉。以下是一些具体的建议：

一、立即配合调查与下架处理

1. 积极沟通：第一时间与工商执法人员取得联系，表明您愿意全力配合调查的态度。如实提供店铺的经营信息，包括进货渠道、销售记录、库存情况等，确保信息的真实性和完整性。

2. 立即下架：一旦确认存在过期化妆品，应立即将其下架，确保这些产品不再被销售或使用。这是防止问题进一步恶化的关键步骤。

3. 提供证据：如果您能提供化妆品进货来源合法的凭证，如进货发票、供货方资质证明等，应及时提供给工商部门。这些证据有助于证明您的无主观故意，可能在一定程度上减轻处罚。

二、了解处罚措施并争取从轻处理

1. 明确法律规定：根据《化妆品监督管理条例》等相关法律法规，经营过期化妆品属于违法行为，将面临警告、罚款、没收违法所得及过期化妆品等处罚。了解这些规定有助于您更好地应对处罚。

2. 了解裁量因素：工商部门在处罚时会综合考虑多种因素，如过期化妆品的数量、货值金额、销售情况、过期时间长短以及您的整改态度等。这些因素将影响处罚的轻重。

3. 主动整改与诚恳认错：制定并执行详细的整改计划，包括改善库存管理、加强员工培训、完善售后服务等。同时，向工商部门提交整改报告，表达您深刻认识错误和积极改正的态度，争取从轻处罚。

三、履行处罚决定并加强后续管理

1. 按时执行处罚：如果工商部门下达了处罚决定书，您务必在规定时间内履行处罚决定，如缴纳罚款、完成物品没收等。这是遵守法律法规的必要步骤。

2. 考虑法律救济途径：如果您对处罚决定不服，可以在规定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。但请注意，这需要有充分的证据和合理的理由来支持您的诉求。

3. 加强后续管理：

   • 完善进货查验制度：建立严格的进货查验记录，确保产品来源可追溯，防止过期化妆品再次进入店铺。
   • 定期自查与召回：安排专人定期对店内化妆品进行清查，重点检查临近保质期的产品。一旦发现过期或即将过期的产品，应立即下架、退货或召回已售出的产品，并与消费者沟通提供适当补偿或替换产品。
   • 强化内部合规：加强与供应商的合作关系，确保产品质量可靠；定期对库存进行检查和更新；建立有效的监督机制，降低类似事件再次发生的风险。

总之，当工商部门检查出过期化妆品时，您应积极配合调查、下架违规产品、了解并争取从轻处罚、严格履行处罚决定，并加强后续管理以确保合规经营。这些措施不仅有助于保护消费者权益和维护您的声誉，还能有效降低类似事件再次发生的概率。