在刑事诉讼二审中，如果案件事实清楚但程序存在瑕疵，二审法院是有可能裁定发回重审的，这主要取决于程序瑕疵的性质和严重程度。具体分析如下：

一、程序瑕疵与发回重审的关系

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，二审法院在审理上诉、抗诉案件时，如果发现一审法院在审理过程中存在违反法定诉讼程序的情形，且这些程序瑕疵可能影响公正审判的，二审法院应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。这里的“程序瑕疵”包括但不限于：

1. 违反公开审判规定：如案件性质并非涉及国家秘密或个人隐私，犯罪嫌疑人也不是未满14岁的未成年人，但一审中未实行公开审判。
2. 违反回避制度：如应当回避的审判人员或其他应当自行回避的人员没有回避。
3. 剥夺或限制当事人法定诉讼权利：如未允许被告人进行辩护或最后陈述，对当事人、辩护人关于申请通知新的证人到庭、调取新的物证、申请重新鉴定或者勘验的申请置之不理或无理驳回等。
4. 审判组织组成不合法：如不具备审判员、助理审判员或人民陪审员法定资格的人参加合议庭，实际参加法庭审理的法官与法律文书中署名的审判长、合议庭成员不一致等。

二、事实清楚但程序瑕疵的处理

即使案件事实清楚，但如果存在上述程序瑕疵，且这些瑕疵可能影响公正审判，二审法院仍会裁定发回重审。这是因为，程序的公正性是保障实体公正的重要前提。如果程序存在瑕疵，即使实体事实清楚，也可能因为程序的不公正而导致当事人对判决结果的信任度降低，进而影响司法公正和权威。

三、发回重审的后果与意义

发回重审后，原审法院需要重新组成合议庭，对案件进行重新审理。这期间，各方权利义务将得到重新保障与履行。发回重审并非对一审判决的简单否定，而是为了让案件在更符合法律规定和事实真相的基础上进行重新审理，从而保障当事人的合法权益。

四、建议与注意事项

1. 关注程序公正：在刑事诉讼中，程序公正与实体公正同样重要。当事人应关注一审程序是否合法，如发现程序瑕疵，应及时提出异议。
2. 积极行使诉讼权利：当事人应积极行使诉讼权利，如申请回避、申请通知新的证人到庭等，以确保自己的合法权益得到保障。
3. 咨询专业律师：在刑事诉讼中，涉及的法律问题复杂多样。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。

总结来看，在刑事诉讼二审中，如果案件事实清楚但程序存在瑕疵，且这些瑕疵可能影响公正审判的，二审法院会裁定发回重审。这是为了保障程序的公正性，进而保障实体公正和当事人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。