关于如实代开增值税普通发票是否构成犯罪的问题，这确实是一个需要细致分析的法律议题。我将结合您提供的参考信息，以及我国相关法律的规定，为您进行详细解答。
首先，我们需要明确的是，如实代开增值税普通发票的行为，其是否构成犯罪，并非一概而论，而是需要根据具体案件的情况，综合考虑多种因素来判断。
从您提供的案例中，我们可以看到两个截然不同的处理结果：
王某某案例：王某某作为个人承包者，在无法自行开具发票的情况下，通过程某某代开了基于真实交易的增值税普通发票，并如实缴纳了税款。在此情况下，检察院认为王某某的行为不构成犯罪，因为其主观上不具有虚开发票和逃税的目的。这个案例表明，如果代开发票的行为是基于真实交易，且税款已如实缴纳，那么该行为可能不被视为犯罪。
龚某某案例：与王某某不同，龚某某让他人为自己虚开增值税普通发票，且金额巨大。法院认为龚某某的行为构成虚开发票罪，因为其行为危害了国家税收管理制度、财务会计管理制度和经营活动记录的真实性，且造成了国家税款的流失。这个案例强调了，如果代开发票的行为缺乏真实交易基础，或者存在逃税等非法目的，那么该行为很可能构成犯罪。
进一步来说，我国刑法对于虚开发票的行为有明确的规定。虚开发票罪是指违反发票管理规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，以及虚开普通发票的行为。如果代开发票的行为符合虚开发票罪的构成要件，即存在虚开行为、且该行为具有社会危害性，那么该行为就可能构成犯罪。
然而，在判断如实代开增值税普通发票是否构成犯罪时，我们还需要考虑一些特殊情况。例如，如果代开发票的行为是基于真实交易，且当事人主观上不具有虚开发票和逃税的目的，同时客观上也没有实施骗取抵扣税款的行为，那么该行为可能不被视为犯罪。这体现了我国刑法在打击犯罪的同时，也注重保护当事人的合法权益。
综上所述，如实代开增值税普通发票是否构成犯罪，需要根据具体案件的情况来判断。在判断时，我们应综合考虑当事人的主观目的、客观行为以及是否符合相关法律规定等因素。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议及时咨询专业的法律人士，以获取更准确、更全面的法律建议。