针对您提出的“经侦已掌握虚开发票怎么处理”的问题，这是一个涉及法律程序和税务管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律程序层面
刑事立案与侦查：
- 当经侦部门掌握虚开发票的证据后，会首先进行刑事立案，启动侦查程序。
- 侦查过程中，经侦部门会收集、固定证据，包括但不限于发票、合同、银行流水、通讯记录等，以证明虚开发票的犯罪事实。
刑事拘留与逮捕：
- 对于涉嫌虚开发票的犯罪嫌疑人，经侦部门有权依法进行刑事拘留。
- 若证据充分，经检察机关批准，可对犯罪嫌疑人实施逮捕。
移送审查起诉：
- 侦查终结后，经侦部门会将案件移送检察机关审查起诉。
- 检察机关会对案件进行全面审查，决定是否提起公诉。
法院审判：
- 若检察机关提起公诉，案件将进入法院审判阶段。
- 法院会根据事实和法律，对犯罪嫌疑人进行定罪量刑。
二、税务管理层面
税务稽查与处罚：
- 税务部门在接到经侦部门的通报或自行发现虚开发票行为后，会启动税务稽查程序。
- 稽查过程中，税务部门会核实发票的真实性、合法性，以及是否存在虚开、伪造等违法行为。
- 对于确认的虚开发票行为，税务部门会依法进行处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
列入重点监管与失信名录：
- 税务部门会对涉税违法违规行为的企业和个人采取列为重点监管对象、纳入涉税服务失信名录等措施。
- 这些措施旨在加强对涉税违法行为的监管和惩戒，维护国家税收秩序。
三、实际案例参考
- 北京经侦案例：北京市公安局经侦总队联合多省警方对虚开发票犯罪团伙实施精准打击，捣毁犯罪窝点，刑事拘留犯罪嫌疑人，并移送检察机关审查起诉。这显示了经侦部门在打击虚开发票犯罪方面的决心和力度。
- 庆阳税务案例：庆阳市税务部门联合公安机关对一涉税中介机构虚开增值税发票案进行处理，对犯罪嫌疑人判处有期徒刑并处罚金，同时对涉税专业服务机构采取列为重点监管对象等措施。这体现了税务部门在维护税收秩序方面的职责和行动。
四、建议与提示
- 企业合规经营：企业应严格遵守税收法律法规，确保发票的真实性和合法性，避免参与虚开发票等违法行为。
- 加强内部管理：企业应建立健全内部财务管理制度，加强对发票的审核和管理，防止内部人员利用职务之便进行虚开发票等违法行为。
- 积极配合调查：若企业或个人被经侦部门或税务部门调查，应积极配合调查工作，如实提供相关证据和信息。
综上所述，当经侦部门掌握虚开发票的证据后，会依法进行刑事立案、侦查、拘留、逮捕、移送审查起诉和法院审判等法律程序；同时，税务部门也会启动税务稽查程序，对涉税违法行为进行处罚和监管。企业和个人应严格遵守税收法律法规，加强内部管理，积极配合调查工作。