农村房屋建设施工合同纠纷，可以根据具体情况选择向乡镇人民政府、县级以上人民政府土地行政主管部门反映，或者通过农村基层组织调解，还可以直接向人民法院提起诉讼。以下是详细分析：
一、乡镇人民政府
乡镇人民政府对农村事务具有管辖权，对农村建房纠纷有着较为深入的了解和处理经验。当发生农村房屋建设施工合同纠纷时，乡镇人民政府可以依据相关法律法规和农村实际情况，对纠纷进行调解和处理，促使双方达成和解。这种方式程序简单、成本低廉，能够及时化解矛盾，同时维护双方的合作关系。
二、县级以上人民政府土地行政主管部门
如果纠纷涉及到土地使用等问题，那么可以向县级以上人民政府土地行政主管部门寻求帮助。土地行政主管部门负责土地管理和监督工作，对于农村建房涉及的土地使用等问题具有专业的知识和权力。他们会对纠纷进行详细的调查和分析，依据土地管理法规和政策，给出公正合理的处理意见。
三、农村基层组织
农村基层组织，如村民委员会、村民小组等，也可以对农村房屋建设施工合同纠纷进行调解。这些基层组织熟悉当地村民的情况和风俗习惯，能够在纠纷双方之间起到沟通和协调的作用，有助于以较为温和的方式解决建房纠纷。
四、人民法院
如果通过上述途径仍无法解决纠纷，那么可以直接向人民法院提起诉讼。人民法院会按照民事诉讼程序进行审理，包括立案、审理、判决等环节。双方需提供证据支持主张，法院根据证据和法律作出公正判决。诉讼具有强制执行力，法院的判决具有权威性和公信力，能够切实保障当事人的合法权益。不过，诉讼程序相对复杂，耗时较长，成本也相对较高。
建议：
在整个过程中，如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。