学校发员工款是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
合法发放员工款的情况：
- 如果学校按照国家法律法规和学校内部规章制度，通过正规渠道和流程，如银行转账、现金支付（需有合法凭证）等方式，向员工发放工资、奖金、津贴等合法款项，且金额、发放时间等均符合相关规定，那么这种行为是合法的。
- 例如，学校每月按时通过银行转账向教职工发放工资，且工资数额符合劳动合同和学校规定，这就是合法的发放行为。
可能违法发放员工款的情况：
- 逃税避税：如果学校为了逃税避税，采取化整为零、通过员工个人账户流转资金等方式发放款项，这种行为可能涉嫌违法。根据税法规定，学校作为纳税义务人，应当依法申报并缴纳税款，不得采取任何非法手段逃避纳税义务。
- 挪用公款：如果学校将本应用于教学、科研等公共支出的款项，违规发放给员工作为个人收入，这种行为可能构成挪用公款，是违法的。挪用公款不仅损害了学校的利益，也可能触犯刑法。
- 违反财务规定：如果学校在发放员工款时，违反了财务管理制度或相关规定，如未经审批擅自发放、超标准发放等，这种行为也可能构成违规，需要承担相应的法律责任。
法律建议：
- 对于学校而言，应当严格遵守国家法律法规和学校内部规章制度，确保员工款的发放合法合规。
- 对于员工而言，如果收到学校发放的款项，应当了解款项的性质和来源，确保自己不会因接收违规款项而承担法律责任。如果发现学校存在违规发放款项的行为，应当及时向学校相关部门或上级主管部门反映情况。
可能的法律后果：
- 如果学校违规发放员工款，可能面临税务部门的处罚、财政部门的审计和整改要求，甚至可能触犯刑法，承担刑事责任。
- 对于员工而言，如果接收了违规发放的款项，可能面临被要求退还款项、承担税务责任等后果。
如果您对学校发放员工款的具体情况有疑问，或者担心自己可能因此涉及法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。