单方申请伤残鉴定在一般情况下是有效的，但存在一些需要注意的风险和后续问题。

首先，从法律层面来说，一方当事人有权自行委托具备资质的鉴定机构进行伤残鉴定。例如，在民事侵权纠纷中，受害者为了确定自身的伤残程度以便后续索赔，可以单方申请鉴定。这种单方申请的鉴定结论，在法律上属于证据种类中的鉴定意见，是可以作为证据提交的。

然而，单方鉴定也存在被对方不认可的风险。因为另一方当事人没有参与鉴定过程，可能会对鉴定的公正性、客观性产生质疑。如果对方提出异议并申请重新鉴定，且有合理理由，法院可能会准许重新鉴定。重新鉴定的结果可能与原结果不同，这就会影响到赔偿数额等关键问题。

以一个实际案例为例，田某与吴某发生交通事故后，吴某自行委托了伤残鉴定并得出构成十级伤残的结论。但在诉讼过程中，田某对吴某的单方鉴定提出质疑并申请重新鉴定，结果重新鉴定的结论显示吴某的伤情不构成十级伤残。这一变化导致吴某的诉请中的残疾赔偿金、精神损害抚慰金等关键赔偿失去依据，赔偿金额大幅缩减。

为了避免这种争议和风险，建议在涉及纠纷可能进入诉讼程序时，双方最好共同选定鉴定机构进行鉴定，或者在法院的主持下委托鉴定。这样得出的鉴定结论更易被司法机关采信，也能减少后续的争议和麻烦。

综上所述，单方申请伤残鉴定在法律上是有效的，但存在被对方不认可和重新鉴定的风险。为了确保鉴定结果的公正性和客观性，以及减少后续的争议，建议在鉴定前与对方进行沟通协商，或者通过法院委托、双方共同选定鉴定机构的方式进行鉴定。