针对用户提出的“履行法定职责书超期回复了，行政部门应如何回复申请人”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，根据相关法律法规，如《中华人民共和国行政诉讼法》（2017修正）第四十七条，行政机关在接到《履行法定职责申请》后，应在两个月内履行职责或作出回复。若行政机关未能在规定期限内回复，则构成了超期回复的情况。

在超期回复的情况下，行政部门应采取以下措施来回复申请人：

1. 承认超期事实： 在回复中，行政部门应首先明确承认回复超期的事实，并向申请人表示歉意。这有助于建立与申请人的良好沟通，并展现行政部门的诚意和责任感。

2. 说明超期原因： 行政部门应详细说明导致回复超期的具体原因，如内部流程繁琐、人员不足、信息收集困难等。但需注意，原因应真实、客观，避免使用模糊或推诿的措辞。

3. 提供当前处理进展： 在回复中，行政部门应告知申请人当前对申请事项的处理进展，包括已采取的措施、取得的成果以及下一步的计划。这有助于申请人了解行政部门的工作动态，并增强对处理结果的信心。

4. 承诺后续处理时限： 行政部门应明确承诺后续的处理时限，并确保在承诺的时限内完成处理并给出最终回复。这有助于规范行政部门的工作流程，并保障申请人的合法权益。

5. 提供救济途径： 在回复中，行政部门还应告知申请人，若对回复结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。这有助于申请人了解自身的权利救济途径，并在必要时采取法律手段维护自己的权益。

以下是一个示例回复模板：

“尊敬的申请人：

您好！关于您提交的《履行法定职责申请》，我们深感抱歉地通知您，由于内部流程繁琐及信息收集困难等原因，我们的回复超出了规定的两个月时限。对此，我们向您表示诚挚的歉意。

目前，我们已经对您的申请事项进行了深入调查，并采取了相应的措施。当前的处理进展如下：[具体处理进展]。我们承诺，将在接下来的[具体时限]内完成处理，并给出最终回复。

若您对我们的回复结果有任何异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。我们将积极配合相关部门的调查和处理工作。

再次感谢您的理解和支持！如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时与我们联系。

[行政部门名称] [回复日期]”

通过这样的回复，行政部门可以既承认超期事实，又说明原因和进展，同时承诺后续处理时限并提供救济途径，从而有效维护申请人的合法权益并提升行政部门的公信力。