关于因职能调整政府投资项目移交后支付费用是否一定要签补充协议的问题，结论并非绝对，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、从合同法律关系角度
合同变更原则：
- 根据合同法的相关规定，合同双方协商一致，可以变更合同。在政府投资项目移交的情况下，如果原合同中未明确约定移交后的费用支付方式，或者移交后的实际情况与原合同约定存在显著差异，那么双方应当通过协商，签订补充协议来明确新的费用支付方式和标准。
合同完整性：
- 补充协议可以视为对原合同的补充和完善，确保合同内容的完整性和准确性。在政府投资项目移交后，如果涉及费用支付方式的变更，签订补充协议有助于避免后续因费用问题产生的纠纷。
二、从实际操作和风险防范角度
明确双方权利义务：
- 签订补充协议可以明确移交后双方的权利义务，包括费用支付的具体金额、支付方式、支付时间等，有助于保障双方的合法权益。
风险防范：
- 在没有补充协议的情况下，如果移交后出现费用支付问题，双方可能因缺乏明确的约定而产生争议。签订补充协议可以提前预见并防范这些风险，确保项目的顺利进行。
三、从特殊情况和例外角度
原合同已有明确约定：
- 如果原合同中已经明确约定了移交后的费用支付方式和标准，且该约定仍然适用，那么双方可能无需签订补充协议。但这种情况较为少见，因为政府投资项目的移交往往伴随着诸多变化。
政府规定或政策要求：
- 在某些情况下，政府可能出台相关规定或政策，对政府投资项目移交后的费用支付问题作出明确规定。如果这些规定或政策与原合同约定一致，或者双方均同意按照这些规定或政策执行，那么可能无需签订补充协议。但这种情况也需要根据具体政策内容来判断。
四、法律建议
协商签订补充协议：
- 鉴于政府投资项目移交后费用支付问题的复杂性和重要性，建议双方在移交前或移交过程中进行充分协商，并签订补充协议以明确相关事宜。
咨询专业律师：
- 如果双方在协商过程中遇到法律问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。作为专业律师，我可以为您提供这方面的法律咨询和服务。
综上所述，因职能调整政府投资项目移交后支付费用是否一定要签补充协议，需根据原合同约定、实际情况以及政府规定或政策要求等多方面因素来综合考虑。在大多数情况下，为了明确双方权利义务、防范风险，建议签订补充协议。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。