政府项目建设单位发生变更时，并不一定要签三方协议。是否签订三方协议，主要取决于变更的具体情况、相关法律法规的要求以及合同各方的协商结果。

1. 变更的具体情况：

   • 如果政府项目建设单位的变更仅涉及内部管理或组织架构的调整，而不影响项目的实施和合同义务的履行，那么可能不需要签订三方协议。
   • 如果变更导致项目的实施方式、合同内容或各方权利义务发生重大变化，那么为了明确各方的责任和义务，可能需要签订三方协议。

2. 相关法律法规的要求：

   • 根据相关法律法规，如《中华人民共和国合同法》等，合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。
   • 如果法律法规明确要求在某些情况下需要签订三方协议，那么就必须遵守这一规定。

3. 合同各方的协商结果：

   • 政府项目建设单位的变更可能涉及原合同双方以及新加入或替换的一方或多方。
   • 各方应当就变更后的合同内容、权利义务等进行协商，并根据协商结果决定是否签订三方协议。

综上所述，政府项目建设单位发生变更时，是否签订三方协议并不是一个绝对的要求。而是需要根据变更的具体情况、相关法律法规的要求以及合同各方的协商结果来综合考虑。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。