针对您提出的“单位犯罪中主要责任人员死亡，案件应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在单位犯罪中，如果直接责任人员（即主要责任人员）死亡，根据刑事诉讼法的相关规定，将不再追究该死亡人员的刑事责任。这一原则体现在刑事诉讼的各个阶段：若在侦查阶段，应撤销案件；若在审查起诉阶段，应作出不起诉决定；若在审判阶段，则应终止审理。若已对死亡人员追究了刑事责任，如已提起公诉或正在审判中，则应相应地撤销案件、不起诉、终止审理或宣告无罪。
然而，主要责任人员的死亡并不影响对单位犯罪本身的认定和处理。司法机关仍会依法对单位犯罪行为进行侦查、起诉和审判。单位作为犯罪主体，仍需承担相应的刑事责任，这通常表现为被判处罚金。罚金的数额会根据单位犯罪的情节、危害后果以及单位的支付能力等因素综合确定。
此外，如果单位犯罪还涉及其他直接负责的主管人员或其他直接责任人员，对这些人员的刑事责任追究并不会因主要责任人员的死亡而免除。司法机关会依法对这些人员进行侦查、起诉和审判，根据其犯罪情节和危害后果，追究相应的刑事责任。
在处理单位犯罪案件时，还需要注意以下几点：
追缴违法所得：对于单位犯罪中获得的违法所得，司法机关会依法进行追缴，以防止犯罪收益被非法利用。
返还被害人财产：如果单位犯罪行为造成了被害人的财产损失，且存在可返还的合法财产，司法机关会及时返还给被害人，以维护其合法权益。
民事赔偿：若单位犯罪行为造成了民事赔偿责任，如赔偿被害人损失等，这些赔偿款应从单位财产中支付。
整个处理过程需严格按照法定程序进行，以确保法律程序的公正与合法。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。