当经调查发现违法嫌疑人已死亡时，通常的处理方式是终止调查或撤销案件，但需根据具体情况进行区分处理。具体分析如下：

1. 终止调查或撤销案件的总体原则
   根据《公安机关办理行政案件程序规定》及《刑事诉讼法》相关规定，若违法嫌疑人或犯罪嫌疑人在案件调查过程中死亡，且其行为不涉及需要追究死者的民事、行政或刑事责任时，公安机关或检察机关通常会依法终止调查或撤销案件。这是因为法律责任以行为人具有责任能力为前提，而死亡使责任承担失去实际意义。

2. 需区分行政案件与刑事案件的不同处理

   • 行政案件：若违法嫌疑人死亡，且其行为不涉及严重危害社会秩序或国家利益，公安机关可依据《公安机关办理行政案件程序规定》第二百五十九条，经县级以上公安机关负责人批准后终止调查。
     
   • 刑事案件：若犯罪嫌疑人死亡，根据《刑事诉讼法》第十六条，检察机关或公安机关应撤销案件，或法院应终止审理。但需注意，若死者生前行为涉及财产刑（如罚金）或民事赔偿，法院仍可对涉案财产部分作出裁决。

3. 特殊情形下的继续处理

   • 共同犯罪案件：若死者是共同犯罪中的一员，其他在世嫌疑人仍需继续接受调查和审判，案件不会因一人死亡而整体终止。
     
   • 民事赔偿或行政处罚的连带责任：若死者生前行为导致他人损害，其遗产继承人可能在遗产范围内承担民事赔偿责任；若涉及行政处罚（如罚款），已执行的处罚不会因死亡而撤销，但未执行的处罚可能终止。
     
   • 国家赔偿请求：若死者因错误拘留、逮捕等行为死亡，其近亲属有权依据《国家赔偿法》提出赔偿请求，此时案件可能以国家赔偿程序继续处理。

4. 程序性要求
   无论终止调查还是撤销案件，公安机关或检察机关均需制作正式法律文书（如《终止案件调查决定书》或《撤销案件决定书》），并通知死者家属或相关利害关系人。若涉及财产处置或赔偿问题，还需依法定程序处理涉案财物。

总结：违法嫌疑人死亡后，案件通常终止或撤销，但需根据案件性质（行政/刑事）、是否涉及共同犯罪或民事赔偿等因素综合判断。若您遇到具体案件，可直接向我咨询，我会结合细节为您提供更精准的分析。