员工因不加班而只付基本工资的行为，是否合法需分情况讨论：

1. 若劳动合同中未将加班费纳入工资结构，且公司未安排加班

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条、第四十一条，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下延长工作时间每日不得超过三小时，但每月不得超过三十六小时。
   • 工资是劳动者提供正常劳动后应得的报酬，应以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠（《劳动法》第五十条）。因此，若公司未安排加班，员工拒绝加班并不影响其获得基本工资的权利，公司只付基本工资的行为在此情况下是合法的，但前提是公司未将加班费作为工资结构的一部分进行约定。

2. 若劳动合同中明文规定工资结构包含加班费，公司擅自取消加班并仅发放底薪

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若劳动合同中明确约定了工资结构包含加班费，而公司擅自取消加班并仅发放底薪，则构成违约，员工有权要求公司按照劳动合同约定支付包括加班费在内的全额工资。

3. 若公司强迫或变相强迫员工加班，并以不加班为由扣发工资

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条，用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。因此，若公司强迫或变相强迫员工加班，并以不加班为由扣发工资，则构成违法，员工有权拒绝加班并要求公司足额支付工资，同时可以向当地劳动行政部门投诉举报。

法律建议：

• 劳动者应仔细阅读劳动合同，了解工资结构是否包含加班费。
• 若公司未安排加班，员工有权拒绝加班并获得基本工资。
• 若公司强迫或变相强迫加班，并以不加班为由扣发工资，员工应保留相关证据，如加班通知、工资条等，以便在维权时提供证明。
• 员工可以通过与用人单位协商、向当地劳动行政部门投诉举报、依法向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼等途径维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若公司违法扣发工资，劳动行政部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令其改正。
• 员工可以依法要求公司支付被克扣的工资及可能的经济补偿。
• 在极端情况下，若公司违法行为严重，还可能面临行政处罚或刑事责任。

总之，员工因不加班而只付基本工资的行为是否合法，需根据劳动合同约定、公司是否安排加班以及是否强迫加班等因素综合判断。劳动者应充分了解自己的权利，并在遭遇不公正待遇时勇敢站出来维护自己的合法权益。