劳动合同中加班工资按基本工资支付，通常是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
法律规定与依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能补休、以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的工资报酬，具体标准分别为不低于工资的150%、200%和300%。这里的“工资”并非仅指基本工资，而是包含了劳动者正常工作时间内应得的全部工资性收入，包括基本工资、岗位津贴、补贴等。
加班工资的计算基数
劳动合同优先原则：
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，加班费应以该约定的工资作为计算基数。这里的“工资”应理解为劳动者正常工作时间内应得的全部工资性收入，而非仅指基本工资。
- 若劳动合同中的工资项目细分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应将各项工资的总和作为加班费的计算基数。
实际工资原则：
- 在劳动合同未明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以劳动者的实际工资作为加班费的计算基数。实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等（但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）。
最低工资标准保障原则：
- 无论采用何种方式确定加班费的计算基数，该基数均不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者工资权益的最低保障。
具体计算方式
加班费的具体计算方式基于劳动者的实际工资收入和加班时间，具体如下：
工作日加班：
- 加班工资 = 月工资（含基本工资、绩效工资、津贴等）÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍。
休息日加班：
- 加班工资 = 月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×2倍。
法定休假日加班：
- 加班工资 = 月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×3倍。
特殊情况说明
- 若劳动合同明确约定加班费计算基数为基本工资，且该约定不低于当地最低工资标准，同时劳动者在签订合同时对此无异议，那么按基本工资计算加班费在特定情境下可能被视为合法有效。但在实际操作中，这种情况较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分，且劳动者往往不会主动放弃这部分权益。
- 如果用人单位仅以基本工资作为衡量加班工资的标准，而未考虑其他货币性收入，其行为通常是不合法的。这种做法既无法真实反映劳动者的实际劳动报酬，也损害了劳动者的合法权益。
劳动者权益保护
- 劳动者发现用人单位计算加班费方式不合法时，有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。
- 协商不成的情况下，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在此过程中，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资单等，以证明自己的加班事实和工资构成。
综上所述，劳动合同中加班工资按基本工资支付通常是不合法的。用人单位应当严格按照劳动法规定，以劳动者正常劳动应得的全部工资（包括基本工资、绩效工资、津贴等）为基准，合理计算并支付加班费，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。