在合同纠纷案件中，关于被告提交协议书的原告乙方签名书证，笔迹鉴定可以由原告或被告任何一方提出。以下是对此问题的详细分析：
一、笔迹鉴定提出方的资格
在民事诉讼中，无论是原告还是被告，都有权提出笔迹鉴定的请求。这是基于民事诉讼中双方当事人平等对抗的原则，确保双方都能充分行使自己的诉讼权利，维护自身合法权益。
原告提出笔迹鉴定：
- 如果原告认为被告提交的协议书中原告乙方的签名存在争议，且该签名对原告的诉求起着决定性作用，那么原告可以向法院递交笔迹鉴定申请。
- 例如，在合同纠纷中，原告可能主张合同上的签名并非其本人所签，从而否认合同的效力。此时，原告可以通过提出笔迹鉴定来证明自己的主张。
被告提出笔迹鉴定：
- 如果被告对原告所提供的带有签字的证据的真实性产生怀疑，被告同样可以要求进行笔迹鉴定。
- 例如，被告可能认为原告提交的协议书上的签名是伪造的，或者存在其他导致签名无效的情形。此时，被告可以通过提出笔迹鉴定来反驳原告的主张。
二、笔迹鉴定申请的程序
提交书面申请：
- 提出笔迹鉴定的一方必须向法院提交书面申请，明确鉴定的事项、目的和要求。
缴纳鉴定费用：
- 提出申请的一方需要预先缴纳鉴定费用。鉴定费用的具体数额可能因地区、鉴定机构等因素而有所不同。
法院裁定：
- 法院会依据案件的实际状况，如是否确实有必要进行鉴定等因素，来裁定是否准许该申请。
- 如果法院认为鉴定申请与案件事实无关或没有必要进行鉴定，可能会驳回申请。
三、笔迹鉴定结果的法律后果
对提出申请方不利的情况：
- 如果鉴定结果对提出申请的一方不利，那么这一方就有可能需要承担相应的法律后果。
- 例如，如果原告提出笔迹鉴定但鉴定结果显示签名是其本人所签，那么原告可能需要承担合同有效的法律后果。
对未提出申请方的影响：
- 如果一方未提出笔迹鉴定申请，而另一方提出了申请并得到了法院的准许，那么未提出申请的一方可能需要接受鉴定结果，并据此承担相应的法律后果。
建议：在实际操作中，如果双方对协议书上的签名存在争议，且该争议对案件结果具有决定性影响，那么任何一方都可以考虑提出笔迹鉴定申请。同时，提出申请的一方需要充分准备相关证据和材料，以确保鉴定申请的顺利进行。如果您在合同纠纷中遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。