被告若认为协议为复印件，申请鉴定时可按以下要点书写鉴定申请书：

1. 明确申请事项
   在申请书开头直接写明请求事项，例如：“请求对原告提交的《XXX协议》是否为原件进行司法鉴定，确认其是否为复制件或存在篡改、变造情形。”

2. 陈述事实与理由

   • 协议形成过程：说明协议由原告书写，被告仅签名按手印，未参与协议文本的起草或修改，对协议内容真实性存疑。
     
   • 争议焦点：指出协议可能存在复制件伪造原件的情形（如纸张、墨迹、签名位置等与正常原件不符），或协议内容被篡改（如关键条款被添加、删除）。
     
   • 鉴定必要性：强调只有通过专业鉴定（如笔迹形成时间、纸张成分、印章真伪等）才能查明协议真实性，避免被告权益受损。

3. 附证据材料

   • 提交协议复印件（或原告提供的协议文本）作为鉴定对象。
     
   • 若被告持有协议原件或可获取其他对比样本（如被告签名样本、同时期其他文件），可一并提交以辅助鉴定。

4. 法律依据
   引用《民事诉讼法》第81条（当事人可就查明事实的专门性问题申请鉴定）及《司法鉴定程序通则》相关规定，说明申请的合法性。

注意事项：

• 鉴定申请需在举证期限内提出，逾期可能不被法院准许。
  
• 被告需预交鉴定费用（最终由责任方承担），并配合鉴定机构提供必要样本。
  
• 若鉴定结果支持被告主张（协议为复印件或被篡改），原告可能承担举证不能的不利后果。

示例申请书框架：

鉴定申请书  
申请人：XXX（被告姓名/名称）  
被申请人：XXX（原告姓名/名称）  
请求事项：  
对原告提交的《XXX协议》是否为原件进行司法鉴定，确认其真实性。  
事实与理由：  
1. 协议由原告单方书写，被告仅签名按手印，未参与文本形成过程；  
2. 申请人怀疑协议为复制件或内容被篡改，具体表现为……（列举疑点）；  
3. 鉴定是查明事实、维护申请人合法权益的必要手段。  
此致  
XXX人民法院  
申请人：XXX  
日期：XXX  

如有其他细节需补充或需进一步分析，可直接向我咨询。