关于租的国有底商和他人合作是否违法的问题，结论前置：这取决于合作的具体内容、方式以及是否违反了租赁合同和相关法律法规的规定。
合作内容与方式：
- 如果合作内容合法，比如共同经营一家合法的商业店铺，且合作方式符合双方租赁合同的约定以及相关法律法规的规定，那么这种合作通常是合法的。
- 如果合作内容涉及违法活动，比如销售违禁品、进行非法集资等，那么无论租赁的房屋性质如何，这种合作都是违法的。
租赁合同约定：
- 租赁合同中可能会明确约定承租人不得将房屋转租或与他人合作经营。如果承租人违反了这一约定，那么出租人有权要求承租人承担违约责任，甚至可能解除租赁合同。
- 如果租赁合同中没有明确禁止转租或合作经营，但承租人需要确保合作不会损害出租人的利益，比如不会改变房屋的使用性质、不会造成房屋损坏等。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，承租人应当按照约定的方法或者根据租赁物的性质使用租赁物。如果承租人与他人合作经营的方式违反了这一规定，比如将房屋用于非约定的用途，那么可能构成违约。
- 此外，如果合作经营涉及需要办理相关证照或审批手续的情况，承租人应当确保已经办理了相应的手续，否则可能面临行政处罚等法律后果。
法律建议：
- 在决定与他人合作经营之前，承租人应当仔细审查租赁合同的约定，确保合作不会违反合同条款。
- 承租人还应当了解相关法律法规的规定，确保合作经营的方式合法合规。
- 如果可能的话，承租人可以与出租人协商，就合作经营的事宜达成书面协议，以明确双方的权利和义务。
可能的法律后果：
- 如果承租人与他人合作经营的方式违反了租赁合同或相关法律法规的规定，出租人可能要求承租人承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
- 在严重的情况下，出租人可能解除租赁合同，并要求承租人立即腾退房屋。
- 如果合作经营涉及违法活动，承租人还可能面临行政处罚甚至刑事处罚等法律后果。
因此，在租的国有底商上与他人合作经营时，请务必确保合作内容合法、方式合规，并仔细审查租赁合同的约定以及相关法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。