若一审、二审、再审程序违反《行政诉讼法》第八十九条第四款第三项规定，依法处理方式如下：

1. 程序违法认定与救济途径
   根据《行政诉讼法》第八十九条第四款第三项，若再审法院发现原判决、裁定认定基本事实不清、证据不足，或违反法定程序可能影响公正审判，应裁定撤销原判、发回重审或查清事实后改判。

   • 再审阶段处理：当事人可向上一级法院申请再审，若再审法院确认程序违法，应依法撤销原判决，并根据违法情形决定发回重审或直接改判。
     
   • 发回重审后果：原审法院需重新组成合议庭，按照法定程序重新审理，确保当事人诉讼权利。

2. 具体违法情形与处理规则

   • 违反法定程序：包括未依法组成合议庭、未保障当事人举证质证权利、审判人员应回避未回避等。
     处理方式：再审法院应裁定撤销原判，发回原审法院重审；若违法程序直接影响判决结果，也可直接改判。
     
   • 证据不足或事实不清：若原判决未查清关键事实或主要证据未经质证，再审法院应发回重审，要求原审法院补充调查或重新认定事实。
     
   • 法律适用错误：若原判决错误适用法律条款，再审法院可直接改判，无需发回重审。

3. 当事人权利保障与程序要求

   • 申请再审期限：当事人应在判决、裁定生效后六个月内提出再审申请，逾期可能丧失救济机会。
     
   • 再审审查重点：法院将重点审查原审程序是否合法、证据是否充分、法律适用是否正确，当事人需提供充分证据证明程序违法。
     
   • 执行中止：再审期间，原判决原则上不停止执行，但当事人可申请中止执行，法院认为有必要的可裁定中止。

实务建议：若发现一审、二审、再审程序存在违法情形，当事人应及时收集证据（如庭审记录、裁判文书等），在法定期限内向上一级法院申请再审，并明确指出违法具体条款及事实依据。再审法院将依法审查并作出处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询行政诉讼相关问题。