店长在连锁店变更食品经营许可证过程中，若因自身过错导致问题，可能需要承担行政责任、民事责任，甚至在特定情况下承担刑事责任。以下是对此问题的详细分析：

一、行政责任

1. 许可证管理违规：

   • 根据《中华人民共和国食品安全法》及相关规定，食品经营许可证的变更需遵循严格的程序和要求。若店长在变更过程中未按规定操作，如未及时提交变更申请、提供虚假材料等，可能面临食品药品监督管理部门的行政处罚，包括警告、罚款、吊销许可证等。

2. 食品安全管理责任：

   • 店长作为连锁店的管理者，对店内的食品安全负有直接责任。若因许可证变更不当导致食品安全问题，如使用过期许可证、未取得新许可证即营业等，店长可能因未履行食品安全管理职责而受到行政处罚。

二、民事责任

1. 消费者损害赔偿：

   • 若因许可证变更问题导致消费者购买到不符合食品安全标准的食品，并因此受到损害，店长作为连锁店的管理者，可能需要承担民事赔偿责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，消费者有权要求赔偿损失，包括医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。

2. 合同违约责任：

   • 若许可证变更问题导致连锁店无法履行与供应商、合作伙伴等签订的合同，店长可能因违约而承担民事责任。这包括赔偿对方因违约而遭受的损失，如货物积压损失、预期利益损失等。

三、刑事责任（特定情况下）

• 若许可证变更问题涉及严重违法行为：
  • 如伪造、变造食品经营许可证，或者使用伪造、变造的许可证进行食品经营活动，且情节严重，构成犯罪的，店长可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，这可能涉及伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪等罪名。

四、建议与措施

1. 严格遵守法律法规：

   • 店长应确保连锁店在变更食品经营许可证过程中严格遵守相关法律法规和程序要求，避免违规行为的发生。

2. 加强内部管理：

   • 店长应建立健全内部管理制度，明确许可证变更的流程和责任分工，确保变更工作的顺利进行。

3. 及时咨询与沟通：

   • 若在许可证变更过程中遇到问题或困惑，店长应及时咨询食品药品监督管理部门或专业律师的意见，确保变更工作的合法性和有效性。

4. 关注消费者权益：

   • 店长应始终关注消费者的权益和安全，确保店内销售的食品符合食品安全标准，避免因许可证变更问题而损害消费者利益。

若您在连锁店变更食品经营许可证过程中遇到任何法律问题或困惑，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。