关于同一单位的下属企业中，一个是代理公司，另一个中标是否违规的问题，这并非一个简单的“是”或“否”能够回答，需要分情况讨论：
合规情况：
- 如果代理公司仅仅是作为招标过程中的一个服务提供者，比如负责招标文件的编制、发布招标公告、组织开标评标等，而中标公司是通过正常的招标流程，凭借自身的资质、技术、价格等优势中标，且整个招标过程公开、公平、公正，没有违反招标投标法的相关规定，那么这种情况就是合规的。
- 举例来说，一个大型企业集团下设了一个招标代理公司，专门负责集团内部的招标项目。同时，集团内还有另一个子公司具备参与招标的资质。在某个招标项目中，招标代理公司按照法定程序进行招标，该子公司凭借自身实力中标，且整个过程中没有出现任何违规行为，那么这就是合规的。
违规情况：
- 如果代理公司和中标公司之间存在利益输送、串通投标等违法行为，那么这种情况就是违规的。比如，代理公司故意设置有利于特定中标公司的招标条件，或者在中标过程中泄露招标信息给中标公司，帮助其中标，这些都违反了招标投标法的相关规定。
- 另一种违规情况是，如果代理公司和中标公司实际上是同一控制下的两个实体，但它们在招标过程中没有按照规定进行信息披露，导致其他投标人无法知晓这一关系，从而影响了招标的公平性和公正性，那么这种情况也可能被视为违规。
法律建议：
- 对于招标方来说，应该确保招标过程的公开、公平、公正，避免出现任何违规行为。同时，应该加强对招标代理公司的管理和监督，确保其按照法定程序进行招标。
- 对于投标方来说，应该凭借自身的资质、技术、价格等优势参与招标，避免与招标代理公司或其他投标人进行串通投标等违法行为。
- 如果发现招标过程中存在违规行为，应该及时向相关部门进行举报，以维护招标的公平性和公正性。
可能的法律后果：
- 如果招标过程中存在违规行为，可能会导致招标结果无效，给招标方和投标方带来经济损失。
- 同时，违规行为还可能受到相关部门的行政处罚，甚至可能涉及刑事责任。
总结与进一步思考：
- 同一单位的下属企业中，一个是代理公司，另一个中标是否违规，取决于招标过程是否公开、公平、公正，以及是否存在利益输送、串通投标等违法行为。
- 在实际操作中，应该加强对招标过程的监督和管理，确保招标的合法性和合规性。
- 如果有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。