针对您提出的“客户经理明知实际用款人与申请用途不符时，法院会如何判决”的问题，这通常涉及到银行信贷业务中的违规放贷行为，以及可能构成的违法发放贷款罪。以下是对此问题的详细解答：

一、违规放贷行为的认定

在银行信贷业务中，贷款用途是贷款“三查”（贷前调查、贷时审查、贷后检查）需要关注的重要内容。贷前准确掌握客户到银行贷款的真实用途，不仅有助于判断贷款风险，也有助于银行据此采取有效的风险防范措施。如果客户经理在明知客户贷款申请用途虚假的情况下，仍然同意发放贷款，这不仅是违规行为，还可能构成违法发放贷款罪。

二、违法发放贷款罪的构成要件

根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违法发放贷款罪是指银行或者其他金融机构的工作人员违反国家规定发放贷款，数额巨大或者造成重大损失的行为。其构成要件包括：

1. 主体要件：犯罪主体是银行或者其他金融机构的工作人员。
2. 主观要件：主观上表现为故意，即明知贷款用途与实际用途不符而仍然发放贷款。
3. 客观要件：客观上表现为违反国家规定发放贷款，且数额巨大或者造成重大损失。
4. 客体要件：侵犯的客体是国家的金融管理制度。

三、法院判决的依据和原则

在判决此类案件时，法院会依据以下原则和依据进行裁决：

1. 事实清楚、证据确凿：法院会审查案件事实是否清楚，证据是否确凿充分，以确认客户经理是否明知贷款用途与实际用途不符。
2. 法律适用准确：法院会准确适用相关法律规定，判断客户经理的行为是否构成违法发放贷款罪。
3. 量刑适当：在确认构成犯罪的情况下，法院会根据犯罪情节、社会危害程度等因素，量刑适当，确保判决的公正性和合理性。

四、具体案例分析

以您提供的参考信息为例，客户经理李某在明知刘某申请贷款用途与实际用途不符的情况下，仍然为其联系第三方并提供虚假的运输合同作为贷款审批的材料，促成刘某在银行贷款500万元。最终，法院认为李某的行为已构成违法发放贷款罪，并依法对其进行了判决。

五、建议与启示

对于银行信贷从业者来说，应当严格遵守国家规定和银行内部规章制度，确保贷款用途的真实性和合法性。在办理客户贷款过程中，要时刻注意以下两点：

1. 不要介入贷款客户受托支付任何内容：避免提供贷款客户受托支付合同模板、受托支付对象或直接为客户签订虚假受托支付合同提供便利。
2. 不要介入客户贷款资金流转：避免与贷款资金流向有关联，包括但不限于利用本人或关联人员过渡贷款资金、部分或大部分贷款资金最终流入本人或关联人员账户。

综上所述，当客户经理明知实际用款人与申请用途不符时，如果其行为构成违法发放贷款罪，法院将依法对其进行判决。因此，银行信贷从业者应当严格遵守相关规定，确保贷款业务的合规性和安全性。