结论前置：若老板通过多家名称不同的公司发放工资，劳动者可通过收集工资支付记录、工作证、考勤记录、同事证言、工作邮件及聊天记录、公司文件等证据，结合法律规定的劳动关系认定标准，来证明与实际用工单位存在劳动关系。
具体分析如下：
收集工资支付记录：
- 尽管工资由不同公司发放，但劳动者应尽可能收集所有工资支付记录，包括银行转账记录、工资条等。这些记录能显示工资的实际来源和支付周期，是证明劳动关系的重要证据之一。
- 若工资通过现金支付，劳动者应要求雇主出具书面收据或签字确认，以保留支付证据。
保留工作证、服务证等身份证明：
- 劳动者应保留工作证、服务证、门禁卡等能够证明其在公司工作的身份证明文件。这些文件通常包含公司名称、劳动者姓名及职位等信息，是证明劳动关系的有力证据。
整理考勤记录：
- 考勤记录是证明劳动者实际为公司提供劳动的重要证据。劳动者应尽可能收集电子考勤记录、纸质考勤表或打卡记录等，以显示其出勤情况和工作时长。
获取同事证言：
- 同事的证言可以作为证明劳动关系的辅助证据。劳动者可以寻找共同工作的同事，请求他们出具书面证言或作为证人出庭作证，证明劳动者与公司之间的劳动关系。
保存工作邮件、聊天记录等电子证据：
- 劳动者应保存与公司之间的工作邮件、聊天记录等电子证据。这些证据可以显示劳动者与公司之间的沟通内容和工作安排，进一步证明劳动关系的存在。
关注公司文件、公告等书面证据：
- 劳动者应留意公司发布的文件、公告等书面证据。这些文件可能包含劳动者的姓名、职位、工作内容等信息，是证明劳动关系的重要补充。
结合法律规定进行认定：
- 根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关法律规定，用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立：(一)用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格；(二)用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动；(三)劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
- 劳动者在收集证据时，应围绕上述法律规定进行，确保证据能够充分证明其与实际用工单位之间的劳动关系。
特殊场景提醒：若劳动者发现工资由多家无关联公司发放，且这些公司之间存在明显的关联关系（如股东相同、高管重叠等），则劳动者在证明劳动关系时，可一并主张这些公司为关联企业，共同承担用工责任。此时，劳动者需收集更多关于公司关联关系的证据，如企业信用信息公示报告、股东名册等。
行动建议：劳动者在发现工资由多家公司发放时，应及时收集并保存上述证据。若与用人单位发生劳动争议，可依据收集的证据向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。