厂房租赁合同中可以约定商事仲裁。以下是对这一问题的详细解析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国仲裁法》第二条：“平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。” 厂房租赁合同作为平等主体之间的合同纠纷，自然可以通过仲裁方式解决。

二、仲裁协议的必备要素

为了确保仲裁协议的有效性，厂房租赁合同双方需在合同中明确约定仲裁条款，或在纠纷发生前后另行达成仲裁协议。有效的仲裁协议应包含以下三个关键要素：

1. 请求仲裁的意思表示：即双方明确表示愿意通过仲裁方式解决争议。
2. 仲裁事项：具体说明哪些争议事项可以通过仲裁解决，如租金支付、合同解除、违约责任等。
3. 选定的仲裁委员会：明确指定一个具体的仲裁委员会来处理争议，如中国国际经济贸易仲裁委员会、北京仲裁委员会等。

三、仲裁协议的有效性与法院管辖权

一旦合同中的仲裁条款被认定为有效，且当事人确实将纠纷提交给了约定的仲裁机构，那么通常排除了法院对该纠纷的管辖权。这意味着，双方必须遵守仲裁裁决，不得再向法院提起诉讼。然而，也存在特定情形可能导致仲裁协议无效或失效，如仲裁协议对仲裁事项或仲裁委员会没有约定或约定不明确，且未能达成补充协议；或者一方当事人在法院首次开庭前未提出仲裁协议等。在这些情况下，法院可能继续审理该纠纷。

四、签订厂房租赁合同时的注意事项

在签订厂房租赁合同时，如果双方希望以仲裁方式解决未来可能出现的纠纷，应当特别注意以下几点：

• 确保仲裁条款的内容完整、明确：仲裁条款应包含上述三个关键要素，避免出现模糊或歧义的表述。
• 仔细选择仲裁委员会：选择一个具有处理厂房租赁合同纠纷专业能力和经验的仲裁委员会，以确保仲裁裁决的公正性和权威性。
• 了解并考虑仲裁费用、程序和时间成本：仲裁费用通常由双方协商承担，程序相对灵活且时间较短，但也可能因案件复杂程度而有所延长。因此，在签订合同时，双方应充分考虑这些因素，以便在必要时做出合理的决策。

五、法律后果与建议

如果厂房租赁合同中约定了有效的仲裁条款，且双方确实将纠纷提交给了约定的仲裁机构，那么仲裁裁决将具有法律效力，双方必须遵守。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向法院申请强制执行。因此，在签订合同时，双方应认真审查仲裁条款的内容，并在必要时咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性。

总结与建议：厂房租赁合同中可以约定商事仲裁，但必须确保仲裁协议的有效性。在签订合同时，双方应认真审查仲裁条款的内容，选择合适的仲裁委员会，并了解仲裁程序的特点和要求。如果遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。