员工自己掏腰包与公司私了赔偿问题是否违法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、非故意或严重过失情况

1. 法律层面：若员工的错误非蓄意或严重过失导致，且劳动合同、公司规章制度或相关法律法规中未明确规定需员工自掏腰包补偿，那么员工自愿与公司私了并承担部分或全部赔偿，在法律层面通常无可指责。这种私了行为更多是基于双方自愿和协商，不违反法律的强制性规定。

2. 实际操作建议：尽管法律上可能无可指责，但员工在决定私了前应充分了解自己的权利和义务，以及私了可能带来的法律后果。同时，建议双方就私了事宜签订书面协议，明确赔偿金额、支付方式、违约责任等条款，以避免后续纠纷。

二、故意或严重过失情况

1. 法律层面：若员工因故意或严重过失导致用人单位经济损失，用人单位有权依据劳动合同和相关法律法规向员工追偿经济损失。这种情况下，员工自掏腰包赔偿并非私了行为，而是履行法律义务。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 实际操作建议：在员工因故意或严重过失导致公司损失的情况下，公司应依法进行追偿，并确保追偿过程合法合规。员工在面对追偿时，也应积极配合，并了解自己的法律权益和义务。若对追偿金额或方式有异议，可通过法律途径解决。

三、私了协议的公证与效力

1. 公证层面：虽然私了协议在法律上可能具有效力，但公证可以增强其证明力和执行力。若双方希望私了协议具有更强的法律效力，可以考虑进行公证。然而，公证并非私了协议的必备要件，未公证的私了协议在符合法律规定的情况下同样具有法律效力。

2. 效力层面：私了协议的效力取决于其内容是否合法、双方是否自愿以及是否违反法律法规的强制性规定。若私了协议内容合法、双方自愿且未违反法律法规的强制性规定，则该协议具有法律效力，双方应依约履行。

总结与建议：

• 员工在决定是否与公司私了赔偿问题时，应充分了解自己的法律权益和义务，以及私了可能带来的法律后果。
• 若选择私了，建议双方就私了事宜签订书面协议，并明确赔偿金额、支付方式、违约责任等条款。
• 若员工因故意或严重过失导致公司损失，公司应依法进行追偿，并确保追偿过程合法合规。
• 在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。