针对您提出的“应急局对交通事故中一般事故次责的运输公司如何处罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及实际案例给出的详细解答：

首先，需要明确的是，当运输公司在交通事故中负有次要责任，且该事故被认定为一般事故时，应急管理部门（或相关行政执法部门）会依据《中华人民共和国安全生产法》的相关规定对运输公司进行处罚。

一、对运输公司的处罚

根据《中华人民共和国安全生产法》第一百一十四条第一款的规定，发生生产安全事故（包括交通事故），对负有责任的生产经营单位（即运输公司）除要求其依法承担相应的赔偿等责任外，还会由应急管理部门处以罚款。具体罚款额度为：

• 发生一般事故的，处三十万元以上一百万元以下的罚款。

由于您提到的是一般事故且运输公司负次责，那么罚款额度将在这个范围内，具体数额会根据事故的具体情况、运输公司的过错程度以及相关法律法规的规定来确定。

二、对运输公司主要负责人的处罚

此外，如果运输公司的主要负责人未履行安全生产管理职责，导致发生生产安全事故的，应急管理部门还会依据《中华人民共和国安全生产法》第九十五条的规定对主要负责人进行处罚。具体罚款额度为：

• 发生一般事故的，处上一年年收入百分之四十的罚款。

三、实际案例参考

以您提供的案例为例，2023年4月沈海高速厦门翔安段发生的重型货车追尾碰撞小型轿车的较大道路交通事故中，货运企业因未如实记录安全生产教育和培训、事故隐患排查治理情况而被认定为负有责任，并受到了相应的行政处罚。虽然这个案例是较大事故，但它说明了应急管理部门在处理交通事故时，会严格依据法律法规对负有责任的生产经营单位及其主要负责人进行处罚。

四、建议与倡导

为了避免类似事故的发生，我建议运输公司及其主要负责人应：

1. 自觉学习《中华人民共和国安全生产法》等相关法律知识，增强法治意识。
2. 建立健全并落实全员安全生产责任制和安全生产规章制度。
3. 加大对安全生产资金、物资、技术、人员的投入保障力度，改善安全生产条件。
4. 构建安全风险分级管控和隐患排查治理双重预防机制，及时消除生产安全事故隐患。

综上所述，应急局对交通事故中一般事故次责的运输公司的处罚主要包括罚款，具体数额根据事故情况和相关法律法规确定。同时，如果运输公司的主要负责人未履行安全生产管理职责，也会受到相应的行政处罚。