针对您提出的“违法运输重大事故怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及多方面法律责任的复杂问题。我将从违法运输的不同类型以及驾驶人违反交通法规导致重大事故两个层面，为您详细梳理相关的处罚措施。
一、违法运输的处罚
违法运输的处罚因具体违法行为、涉及物品及法律法规的不同而有所差异，但均将依据相关法律法规进行严厉惩处。以下是一些常见的违法运输类型及其处罚：
非法运输危险物品：
- 刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》，非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全的，将面临三年以上十年以下有期徒刑，情节严重者更可能面临十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。
- 行政责任：依据《危险化学品安全管理条例》，未经许可通过道路运输危险化学品的，由交通运输主管部门责令改正，并处5万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法运输普通货物（如超载）：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》，公路客运车辆载客超过额定乘员或货运机动车超过核定载质量的，将面临二百元以上二千元以下的罚款，具体数额视超载程度而定。
非法运输野生动物及其制品：
- 行政处罚：依据《中华人民共和国野生动物保护法》，未经批准或未按照规定运输国家重点保护野生动物及其制品的，将被没收野生动物及其制品和违法所得，并处其价值二倍以上十倍以下的罚款；情节严重者还可能被吊销相关许可证。
- 刑事责任：构成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法运输烟草专卖品：
- 根据《中华人民共和国烟草专卖法》，无准运证或超过准运证规定数量运输烟草专卖品的，将由烟草专卖行政主管部门处以罚款，并可能按一定比例收购违法运输的烟草专卖品；情节严重者将被没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。
道路运输经营违法情形：
- 如未取得道路运输经营许可擅自从事道路运输经营、使用失效或伪造的许可证件从事经营、超越许可事项从事经营等，均将面临没收违法所得、罚款、吊销许可证等处罚。
二、驾驶人违反交通法规导致重大事故的处罚
若驾驶人违反交通运输管理法规并因此发生重大事故，将依法面临多层面的法律责任：
民事赔偿责任：
- 驾驶人需根据事故责任比例承担民事赔偿责任，包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金、死亡赔偿金、丧葬费以及对受损财物的赔偿。
行政处罚：
- 若尚不构成犯罪，依据《中华人民共和国道路交通安全法》，公安机关交通管理部门可对驾驶人处以二百元以上二千元以下罚款，并可并处十五日以下拘留。同时，可能面临吊销或暂扣驾驶证的处罚。
刑事处罚：
- 构成交通肇事罪：根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条，违反交通法规导致重大事故，致人重伤、死亡或公私财产遭受重大损失，将面临三年以下有期徒刑或拘役。若肇事后逃逸或有其他特别恶劣情节，将处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡者，将处七年以上有期徒刑。
- 重大事故认定标准：包括死亡一人或重伤三人以上且负事故全部或主要责任、死亡三人以上且负事故同等责任、造成公共财产或他人财产直接损失且无能力赔偿数额在三十万元以上等情形。
三、综合建议
违法运输和违反交通法规导致重大事故都是严重的违法行为，不仅可能面临严厉的行政处罚和刑事处罚，还可能承担巨额的民事赔偿责任。因此，我强烈建议所有运输从业者和驾驶人严格遵守相关法律法规，确保合法合规经营和行车安全。在不幸发生事故时，应积极配合事故处理，履行报告义务，并承担相应的法律责任。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。