当店内发现有过期食品时，根据相关法律法规，商店将面临一系列严格的处罚措施，这些措施涵盖了行政、民事乃至刑事责任。以下是对此问题的详细解答：
一、行政责任
责令改正与警告：
- 监管部门会立即要求商店停止销售过期食品，并对所有过期食品进行清理下架。
- 同时，给予商店警告，督促其严格遵守食品安全法规，加强食品管理，防止类似问题再次发生。
罚款：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的规定，经营超过保质期的食品将面临严厉的罚款。
- 具体罚款标准为：违法经营的食品货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。
没收违法所得与违法物品：
- 监管部门有权没收商店因销售过期食品所得的违法所得，以及尚未出售的过期食品。
责令停业整顿与吊销许可证：
- 在情节严重的情况下，监管部门可以责令商店停业整顿，直至其整改完毕并符合相关要求。
- 若商店的违法行为特别严重，如多次被查出有过期食品或造成严重后果，监管部门将吊销其食品经营许可证，取消其经营食品的资格。
二、民事责任
赔偿消费者损失：
- 如果消费者因食用过期食品而遭受人身损害，商店需承担包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用。
- 同时，若消费者因购买过期食品而受到欺诈，还可要求商店按照商品价款的三倍进行赔偿，增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元（也有说法为不足一千元按一千元赔偿，具体依据最新法律法规）。
承担违约责任：
- 如果商店与供应商或合作伙伴之间存在关于食品保质期管理的合同约定，并因此违约，还需承担相应的违约责任，如支付违约金或赔偿对方因此遭受的损失。
三、刑事责任（极端情况）
- 在极端情况下，如果商店销售过期食品的行为造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾病，对人体健康造成严重危害，或者有其他特别严重情节的，可能构成生产、销售不符合安全标准的食品罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》的规定，将面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；对人体健康造成严重危害或者有其他严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金；后果特别严重的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
建议与措施
- 监管部门：应加强市场巡查，及时发现并查处销售过期食品的行为，加大执法力度，确保法律严格执行。
- 商店：要建立严格的食品进货查验和保质期管理制度，定期检查库存食品，避免销售过期食品。
- 消费者：遇到此类情况要积极维权，保留好购买凭证和过期食品作为证据，依法要求赔偿，推动商家规范经营。
综上所述，店内发现过期食品将面临严重的法律后果。作为商家，必须严格遵守食品安全法规，确保所售食品均在保质期内，以保障消费者的健康和权益。