民工讨薪案件的管辖法院主要依据案件性质及法律规定来确定，具体分为以下两种情况：
若按劳动关系处理：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》的相关规定，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。
- 若劳动合同履行地不明确，则由用人单位所在地的基层人民法院管辖。
- 举例说明：假设某农民工在A地工作，但用人单位注册在B地，且劳动合同中未明确约定履行地，那么该农民工应向B地的基层人民法院提起诉讼。
若按普通民事合同关系处理：
- 依据《民事诉讼法》的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
- 在工资案件中，农民工作为接收货币一方，其所在地可视为合同履行地，因此该地法院也有管辖权。
- 举例说明：若农民工与包工头之间存在劳务合同关系，且合同中未明确约定履行地，但农民工实际在C地提供了劳务，那么该农民工可以选择向包工头住所地或C地的法院提起诉讼。
在处理民工讨薪案件时，还需注意以下几点：
- 证据收集：农民工在讨薪过程中，应尽可能收集能证明劳动关系及工资数额的相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便在诉讼中更好地维护自身权益。
- 仲裁前置：若案件属于劳动争议，则需先经过劳动仲裁程序，对仲裁结果不服的，方可向人民法院提起诉讼。
- 特殊情况处理：若案件涉及多个被告或存在其他特殊情况，如被告住所地与合同履行地不一致等，管辖权的确定可能更为复杂。此时，建议农民工咨询专业律师，以便更准确地选择管辖法院。
若您在民工讨薪过程中遇到法律问题，或对管辖法院的确定有疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。